Am Ende der 15-minütigen Q2-Session stand Weltmeister Marc Márquez trotz eines Sturzes mit 2:03,658 min an der Spitze der MotoGP-Zeitenliste. Das bedeutete die sechste Pole-Position für Márquez in Austin. Auf Platz 2 landete Maverick Viñales mit ganzen 0,406 sec Rückstand. Doch dann folgte eine Strafe für Márquez. Der Spanier hatte im Q2 Viñales auf einer schnellen Runde aufgehalten und zu spät Platz gemacht, als er sich selbst auf seiner "out lap" befand. Márquez wird von Startplatz 1 auf 4 zurückversetzt. Viñales wird nun von der Pole-Position starten. Trotz seiner Strafe durfte Márquez die Tissot-Uhr für die schnellste Runde im Qualifying entgegennehmen. Auch in der Statistik bleibt ihm die Pole erhalten. 2015 ergab sich eine ähnliche Situation in der Moto3-Klasse, als Danny Kent in Australien zurückversetzt wurde und John McPhee auf Startplatz 1 nach vorne rückte. Nach seiner turbulenten Qualifying-Session berichtete Márquez: "Es war eigentlich ein sehr guter Tag für uns, denn wir machten im Vergleich zum Freitag einen Schritt nach vorne. Ich fühlte mich mit dem Bike besser. Meine Zeiten fuhr ich nun auf sicherere Art, was sehr wichtig ist. Eine weitere Pole-Position in Austin, die ich aber auf eine andere Weise erreicht habe. Ich stürzte und kam dann mit dem zweiten Bike und einem anderen Set-up zurück auf die Strecke. Trotzdem war ich schnell, darum bin ich sehr happy. Ich freue mich über meine Pace und die Bestzeit im Qualifying. Am Sonntag steht uns wieder ein Rennen bevor." Zum Zwischenfall mit Viñales erklärte Márquez: "Leider erwartete ich nicht, dass ein Fahrer von hinten an mich heranrückt, als ich aus der Boxengasse kam. Plötzlich hörte ich einen Motor. Ich hatte mich mehr auf Iannone konzentriert, als auf das Geschehen hinter mir. Als ich den Motor hörte, zog ich so schnell wie möglich nach außen. Aber ich störte wohl seine Runde und werde nun drei Plätze zurückversetzt. Mehr kann ich nicht sagen. Ich fuhr die schnellste Zeit, das Rennen ist erst am Sonntag."