Das Warm-up der MotoGP-Klasse in Brünn fand bei anhaltendem Regen und nasser Strecke statt. Um 9:40 Uhr rückten die MotoGP-Stars nach und nach für die 20-minütige Session auf die Strecke aus. Scott Redding aus dem Pramac-Team setzte sich vor seinem Ducati-Markenkollegen Yonny Hernandez an die Spitze. Ducati-Werkspilot Andrea Iannone hielt noch in seiner Box inne, während sich seine Kollegen durch den Regen kämpften. Zur Halbzeit lag Andrea Dovizioso vor Loris Baz aus dem Avintia-Team, Aleix Espargaró, Valentino Rossi, Eugene Laverty und Marc Márquez. Weltmeister Jorge Lorenzo, der bereits bei den Regenrennen in Assen und auf dem Sachsenring große Probleme hatte, lag auf dem 13. Rang. Stefan Bradl reihte sich mit der Werks-Aprilia auf dem 19. Platz ein. Acht Minuten vor Schluss ging auch Österreich-Sieger Andrea Iannone auf die Strecke. Die Bestzeit von Loris Baz lag zu diesem Zeitpunkt bei 2:14,555 min. Die Fahrer tasteten sich immer weiter an das Limit heran, die Zeiten wurden schneller. Stefan Bradl schob sich auf den 15. Platz nach vorne. Viñales lag vor Márquez, Laverty und Redding an der Spitze. Am Ende preschte der spät ausgerückte Iannone mit der Ducati Desmosedici an die Spitze. Doch Scott Redding (Ducati) konterte mit 2:09,500 min. Hinter dem Pramac-Ducati-Fahrer reihten sich Andrea Iannone (Ducati), der 1,046 sec einbüßte, Loris Baz (Ducati) + 1,455 sec, Marc Márquez (Honda) + 1,583 sec, Eugene Laverty (Ducati) +1,640 sec, Andrea Dovizioso (Ducati) + 1,650 sec, Maverick Viñales (Suzuki) + 1,906 sec und Bradley Smith (Yamaha) + 2,036 sec ein. Unter den Top-6 befanden sich somit fünf Ducati-Piloten. Valentino Rossi und Jorge Lorenzo erreichten nur die Plätze 10 und 17 mit 2,2 und 4,1 sec Rückstand auf Redding. Stefan Bradl belegte den 15. Rang vor Pedrosa und Lorenzo mit 3,4 sec Rückstand.