Wie nahe die "Fantastischen Vier" [*Person Valentino Rossi*], Casey Stoner, Dani Pedrosa und [*Person Jorge Lorenzo*] beisammen liegen, hatte bereits das zweite Freitraining am Samstagmorgen gezeigt. Trotz zwei Minuten Fahrzeit pro Runde hatten nur 0,377 Sekunden die vier Superstars getrennt. Im entscheidenden Qualifying legte Rossi (Fiat Yamaha), der mit einem vierten Rang in Sepang seinen neunten WM-Titel sichern könnte, nach zehn Minuten mit 2:01,764 die Pace vor. Zehn Minuten später übernahm Stoner (Marlboro Ducati) mit 2:01,455 die Führung. Dann folgten Rossi, Pedrosa, Loris Capirossi mit der Rizla-Suzuki GSV-R 800 und Andrea Dovizioso mit der zweiten Repsol-Honda. Rossis Teamkollege und letzter verbliebener Konkurrent im Titelrennen, Jorge Lorenzo, lag vorerst nur auf dem sechsten Rang. Nach vierzig der sechzig Trainingsminuten – Rossi führte wieder mit 2:01,210 – war der junge Spanier zwar auf Rang 4 vorgestossen, aber auf Rossi fehlte ihm immer noch fast eine Sekunde. Eine Viertelstunde vor Schluss verbesserte sich Rossi auf 2:01,062, dann sogar auf 2:00,907. Lorenzo war in der Zwischenzeit wieder hinter Capirossi und Toni Elias (Gresini Honda) auf Rang 6 zurückgefallen. In den entscheidenden letzten Minuten verbesserte sich Rossi auf 2:00,516, während sich Lorenzo in der letzten Runde mit 2:01,087 als Zweiter noch in die erste Startreihe rettete. Pedrosa (2:01,254) komplettiert die erste Startreihe, während der sichtlich entäuschte Casey Stoner (2:01,455) wegen eines Defekts in der entscheidenden Phase nicht mehr angreifen konnte und als Vierter neben Loris Capirossi und Toni Elias aus der zweiten Reihe starten muss. Im Duell um WM-Rang 5 – hinter den unantastbaren Rossi, Lorenzo, Pedrosa und Stoner – zwischen Andrea Dovizioso und Colin Edwards (Tech3 Yamaha) hat der Amerikaner die bessere Ausgangslage: Edwards steht als Trainings-9. in der dritten Reihe, Dovizioso als enttäuschender Elfter nur in Reihe 4. Der 20 Jahre junge Spanier Aleix Espargaro, Ersatz für den verletzten Italiener Niccolò Canepa, überraschte mit der Pramac-Ducati erneut: Als 13. klassierte er sich noch vor Chris Vermeulen, Marco Meldandri, James Toseland und Gabor Talmacsi.