Gleich zu Beginn des zweiten freien MotoGP-Trainings in Sepang zeigte Weltmeister Marc Márquez, dass er in Malaysia wieder ganz vorne sein will. Nach fünf Minuten setzte der Spanier mit einer schnellen Runde von 2:00,527 eine Richtzeit und war damit um 0,079 sec schneller als Maverick Viñales und 0,303 sec schneller als der Schnellste der ersten Trainings, Andrea Dovizioso. Valentino Rossi war Vierter mit einer Zeit von 2:01,241. Stefan Bradl lag mit einem Rückstand von 2,311 sec. auf Platz 16. Nach zehn Minuten hatte Suzuki-Pilot Alex Rins Valentino Rossi auf Rang 5 verdrängt, Sechster war Bautista vor Petrucci, Pedrosa, Iannone und Aleix Espargaró. In den nächsten Minuten änderte sich nichts, eine Viertelstunde nach Trainingsbeginn war Dovizioso auf dem besten Weg, die Bestzeit von Márquez zu unterbieten, brach die Runde aber ab und fuhr erst mal an die Box und gab damit das Signal für die Konkurrenz, ebenfalls eine kleine Pause zu machen. Stefan Bradl war mittlerweile zurückgefallen und nur noch 20, hinter Tom Lüthi. Jorge Lorenzo versuchte ebenfalls ein paar Runden zu drehen, lag mit einem Rückstand von 4,537 sec auf die Bestzeit aber auf dem 24. und letzten Platz. Zwanzig Minuten vor Schluss stürzte Aprilia-Pilot Scott Redding in Kurve 2, während Valentino Rossi mit einer Rundenzeit von 2:00,035 min Platz 1 im Klassement übernahm. Andrea Dovizioso fuhr auf seiner Ducati eine schnelle Runde von 2:00,398 und verdrängte Marc Márquez auf Platz 3. Valentino Rossi war auch eine Viertelstunde vor Schluss noch Erster, denn der Angriff des zweimaligen Malaysia-Siegers Andrea Dovizioso ging ins Leere. Der Ducati-Pilot verkürzte seinen Rückstand auf seinen Landsmann zwar auf 0,056 Sekunden, blieb aber erst mal Zweiter. Dritter war Márquez vor Viñales, Rins, Bautista, Iannone, Zarco, Miller und Petrucci. Fünf Minuten vor Trainingsende schoss Ducati-Pilot Jack Miller mit einer schnellen Runde von 2:00,515 auf Platz 3, wurde aber schon wenige Sekunden später von Rins auf Rang 4 verdrängt. Der Australier griff jedoch erneut an und setzte sich drei Minuten vor Schluss sogar auf Platz 1. Miller war der erste Fahrer, der mit einer Runde von 1:59,771 die zwei-Minuten-Grenze unterbot. In den letzten Minuten unterbot Marc Márquez die Zeit von Miller um 0,070 sec und war wieder Erster. Dann war Rins aber noch einmal um 0,093 Sekunden schneller und verwies den Honda-Piloten auf Platz 2. Dritter war Miller vor Viñales, Petrucci, Rossi, Dovizioso, Zarco, Iannone und Pedrosa auf den ersten zehn Plätzen. Stefan Bradl beendete das Training mit einem Rückstand von 1,953 Sekunden als 16., Tom Lüthi wurde 18. Jorge Lorenzo war mit einem Rückstand von mehr als fünf Sekunden Letzter. Ergebnis FP2 MotoGP 1. Rins, 1:59,608 2. Márquez, + 0,093 3. Miller, + 0,163 4. Viñales , + 0,194 5. Petrucci, + 0,203 6. Rossi, + 0,409 7. Dovizioso, + 0,483 8. Zarco, + 0,551 9. Iannone, + 0,894 10. Pedrosa, + 0,971 11. Nakagami, +1,221 12. Bautista, + 1,372 13. Morbidelli, + 1,373 14. P. Espargaró, KTM, + 1,412 15. smith, KTM, + 1,694 16. Bradl, + 1,953 17. Abraham, + 2,067 18. Lüthi, + 2,135 19. Aleix Espargaró, + 2,158 20. Syahrin, + 2,286 21. Simeon + 2,292 22. Torres, + 2,332 23. Redding, + 2,730 24. Lorenzo, + 5,028 Ergebnis FP1 MotoGP 1. Dovizioso, 1:59,697 2. Rossi, + 0,070 3. Viñales + 0,231 4. Miller, + 0,244 5. Petrucci, + 0,485 6. Rins, 0,544 7. Aleix Espargaró, + 0,855 8. Bautista, + 0,967 9. Zarco, + 1,029 10. Márquez, + 0,348 11. Iannone, + 12. Nakagami 13. Morbidelli 14. Smith, + 1,616 15. Bradl, + 1,616 16. Pedrosa 17. Syahrin 18. Redding 19. Pol Espargaró, KTM, + 2,198 20. Lüthi, + 2,225 21. Abraham 22. Siméon 23. Torres 24. Lorenzo, + 3,507