Nach zehn Minuten war klar, wer in Brünn das Sagen hat. WM-Leader Valentino Rossi und sein Teamkollege und schärfster Verfolger Jorge Lorenzo lagen mit ihren Yamaha bereits deutlich in Front. Rossi hatte sofort stolze 1,4 Sekunden Vorsprung auf den Spanier Lorenzo herausgefahren. Mit 1:57,725 – erzielt in der fünften Trainingsrunde – lag Rossi nur eine halbe Sekunde hinter seiner schnellsten Rennrunde bei seinem Sieg vom vergangenen Jahr zurück. Es scheint, als habe der achtfache Weltmeister nun auch eine der ganz grossen Stärken des abwesenden Casey Stoner kompensiert – das bedingungslose "Abdrücken" gleich von der ersten Trainingssekunde an. Lorenzo brauchte zehn Runden, also genau doppelt so lange, um Rossis Zeit zu erreichen. Am Schluss lag das Fiat-Yamaha-Duo der Konkurrenz weit voraus. Lorenzos und Rossis Rundenzeiten waren im Schnitt rund eine Sekunde schneller als diejenigen der stärksten Verfolger. Lorenzo war am Ende Schnellster, 0,399 Sekunden vor Rossi. Nur Dani Pedrosa (Repsol-Honda) war mit 0,989 Sekunden Rückstand weniger als eine Sekunde langsamer als das Fiat-Yamaha-Duo. Auf Rang 4 folgte mit Colin Edwards bereits die dritte von vier Yamaha. Donington-Sieger Andrea Dovizioso (Repsol-Honda) bestätigte seine gute Form mit Rang 5. Toni Elias (San Carlo Gresini Honda) machte als Sechster klar, dass er seinen Podestplatz – er war Zweiter hinter Rossi – vom vergangenen Jahr gerne wiederholen möchte. Casey Stoner-Ersatzmann Mika Kallio kam mit der Werks-Ducati GP9 erstaunlich gut zurecht. Bis zur Trainingsmitte lag der Finne in den Top-5 der Zeitentabelle, während sein temporärer Teamkollege Nicky Hayden nie unter den zehn Schnellsten zu finden war. Am Schluss war Kallio Siebter, Hayden lediglich Zwölfter und eine halbe Sekunde langsamer als der Finne – eine eher peinliche Schlappe für den Weltmeister des Jahres 2006, zumal Kallio seine erste MotoGP-Saison bestreitet.