Nach drei trockenen freien Trainings erwartete die Moto3-Piloten ein nasser Silverstone Circuit für die 40-minütige Qualifying-Session. Im FP2 und FP3 war Jorge Navarro im Trockenen der schnellste Moto3-Fahrer. Der Honda-Pilot liegt aktuell 61 Punkte hinter WM-Leader Brad Binder aus dem Team Red Bull KTM Ajo. Mahindra-Pilot Marco Bezzecchi stürzte nach wenigen Minuten in Kurve 1. Sein Markenkollege Francesco Bagnaia setzte sich zunächst an die Spitze, wurde aber bald von Jorge Navarro aus dem Team Estrella Galicia 0,0 verdrängt. Regenspezialist Khairul Idham Pawi, der 2016 bereits zwei Regenrennen gewonnen hat, lag auf dem fünften Rang. 29 Minuten vor Schluss stürzte der WM-Zweite Navarro. Er blieb glücklicherweise unverletzt. Die Streckenposten halfen Navarro, seine Honda wieder in Gang zu bekommen. Doch dieser Plan scheiterte. Auch Fabio Di Giannantonio ging zu Boden. In Kurve 11 stürzte auch Peugeot-Pilot John McPhee, der in Brünn seinen ersten GP-Sieg gefeiert hatte. An der Spitze lag Francesco Bagnaia vor seinem Aspar-Teamkollegen Jorge Martin, Gabriel Rodrigo, Jakub Kornfeil, Khairul Idham Pawi und Nicolò Bulega. Philipp Öttl aus dem Schedl-Team hatte nur Platz 33 inne. Auch Rodrigo stürzte. Andrea Locatelli landete ebenfalls im Kies. 17 Minuten vor Schluss wurde Navarros Honda an der Box von den Mechanikern in Empfang genommen. Zu diesem Zeitpunkt lag Bo Bendsneyder vor Bagnaia an der Spitze. Bendsneyder wird in der Startaufstellung fünf Positionen zurückversetzt, nachdem er im Training am Freitag in drei Sektoren zu langsam unterwegs war, um auf schnelle Gegner zu warten. Maria Herrera legte eine Bestzeit im ersten Sektor vor. Die KTM-Pilotin aus Spanien schob sich auf den zehnten Rang. In dieser Saison sammelte Herrera bisher sechs Punkte. Darryn Binder ging zu Boden. Der Regen wurde stärker. Jorge Navarro kehrte acht Minuten vor Schluss auf die Strecke zurück. Francesco Bagnaia eroberte mit 2:33,642 min die Spitze vor Bastianini und Bendsneyder zurück. Hiroki Ono stürzte, wie auch Maria Herrera. Nicolò Bulega hatte bei seinem Sturz in Kurve 8 Glück, dass ihm Jorge Martin, der weit gehen musste, geistesgegenwärtig ausweichen konnte. In Kurve 18 erwischte es auch Niccolò Antonelli, seine Honda war schwer beschädigt. Adam Norrodin stürzte ebenfalls. Auch Regenspezialist Pawi landete neben der Strecke. Francesco Bagnaias Zeit von 2:33,642 min blieb unangetastet. Es ist die erste Pole-Position für den Mahindra-Pilot aus dem Aspar-Team. Der Italiener hatte in Assen für den ersten GP-Sieg für Hersteller Mahindra gesorgt. Hinter Bagnaia folgten Enea Bastianini (Honda) mit 0,106 sec Rückstand, Bo Bendsneyder (KTM), der auf Platz 8 zurückversetzt wird, Niccolò Antonelli (Honda), Brad Binder (KTM), Joan Mir (KTM), Jules Danilo (Honda), Jorge Martin (Mahindra), Nicolò Bulega (KTM) und Lorenzo Dalla Porta (KTM). Der WM-Zweite Jorge Navarro wird von der 18. Position starten. KTM-Pilot Philipp Öttl erzielte nur Platz 23.