Pünktlich zu Beginn des Qualifyings der 125-ccm Klasse fing es in Valencia wieder an zu tröpfeln. Entsprechend waren die Rundenzeiten fernab von dem, was noch im dritten Training am Vormittag gefahren wurde. Schnellster der Anfangsphase war passend dazu auch ein Aussenseiter: Matteoni-Pilot Luis Rossi! Doch das war nur eine Momentaufnahme, denn die Führung wechselte quasi mit jeder Zieldurchfahrt. Nach 15 von 40 Minuten hatte sich Johan Zarco (F/Derbi), bereits am Vormittag der Schnellste, wieder an die Spitze der Zeitenliste gesetzt. Direkt hinter dem Franzosen platzierten sich WM-Leader Nico Terol (E/Aprilia) und Sandro Cortese (D/Aprilia), der schon am Freitag im Nassen schnelle Rundenzeiten vorlegte. Dann folgte wieder eine starke Phase der Aussenseiter: KTM-Pilot Jack Miller (AUS) riskierte auf nasser Piste viel und setzte sich mit deutlichem Abstand auf die provisorische Pole-Position. Auch Jasper Iwema (NL/6.) oder Marcel Schrötter (D/10.) nutzten die Gelegenheit, ihre Motorräder auf vorderen Positionen zu zeigen. Nachdem sich für einen kurzen Moment RedBull-Pilot Jonas Folger über die Führung freuen konnte, stellte Zarco 15 Minuten vor Schluss wieder die Rangordnung klar und eroberte in 1.51,954 min wieder Platz 1. In dieser Phase hörte es auf zu regnen und die Streckenbedingungen wurden mit jeder Runde besser! In den letzten Minuten legte Hector Faubel (Aprilia) nach und schraubte die Bestzeit auf 1.48,941 min herunter. Damit führte der Spanier drei Minuten vor Schluss um 1,3 sec vor dem Zweiten Sandro Cortese. Die Gunst der Stunde nutzte am Ende aber doch ein Aussenseiter: Mit einem Slick-Reifen sicherte sich Mahindra-Pilot Danny Webb (GB/Mahindra) die Pole-Position und den zweiten Startplatz belegt mit Luis Rossi ein Hinterbänkler. Johan Zarco sicherte sich als Dritter einen Platz in der ersten Startreihe, Luis Salom (E/Aprilia) geht von der vierten Position ins Rennen. Während Titelanwärter Johan Zarco stets auf einer vorderen Position belegte, war von WM-Leader Nico Terol während der gesamten Session kaum etwas zu sehen. Erst in den letzten Minuten rettete sich der Spanier auf den neunten Startplatz.