Ducati-Pilot Andrea Iannone setzte sich vor Dani Pedrosa auf der Repsol-Honda an die Spitze. Bald drängte sich Jorge Lorenzo dazwischen und Marc Márquez verdrängte Iannone von Platz 1. Mit 2:00,471 min legte Pedrosa kurz darauf die neue Bestzeit vor. Rossi reihte sich auf Platz 5 ein. Iannone konnte nur knapp einen Highsider verhindern, während der Valentino Rossi um die Strecke folgte. Stefan Bradl lag auf Platz 19. Zwölf Minuten vor Schluss leistete sich Jorge Lorenzo einen seltenen Fehler. Der Yamaha-Pilot stürzte in der letzten Kurve auf dem Sepang International Circuit über das Vorderrad. Der Mallorquiner blieb unverletzt und machte sich sofort auf den Weg zurück an die Movistar-Yamaha-Box. Lorenzo rückte bald wieder aus. Es waren noch sechs Minuten zu fahren. Um die weicheren Reifenmischungen für das Qualifying zu sparen, ging er auf dem harten Vorder- und Hinterreifen auf die Strecke. Am Ende hatte noch immer Dani Pedrosa mit 2:00,471 min die Nase vorne. Dahinter folgten Marc Márquez, Andrea Iannone, Jorge Lorenzo und Valentino Rossi. Stefan Bradl belegte mit der Aprilia den 16. Platz.