Zu Beginn des Moto3-Qualifyings in Assen ging Le Mans-Sieger Albert Arenas in Kurve 9 zu Boden. Jorge Martin setzte sich mit der Honda des Gresini-Teams umgehend an die Spitze vor Tony Arbolino und Niccolò Bulega. Auch Kazuki Masaki stürzte schon nach wenigen Minuten. Jorge Martin hielt sich zur Halbzeit mit 1:42,644 min weiter an der Spitze vor seinem Honda-Kollegen Aron Canet, der 0,224 sec zurücklag. WM-Leader Marco Bezzecchi aus dem deutschen Prüstel-Team hatte den 13. Rang inne. Philipp Öttl lag zu diesem Zeitpunkt mit 1,4 sec Rückstand nur auf dem 26. Platz. Mit 1:42,349 min setzte sich Barcelona-Sieger Enea Bastianini mit 0,177 sec Vorsprung auf Martin an die Spitze. Auf Platz 3 folgte Canet vor Dalla Porta und dem WM-Zweiten Fabio Di Giannantonio. KTM-Pilot Philipp Öttl, der nach seinem Sieg in Jerez ins Straucheln geriet, schob sich auf den 13. Platz nach vorne. Bezzecchi rauschte neben die Strecke, konnte aber schnell wieder auf den Asphalt zurückkehren. Martin startete zwei Minuten vor Schluss einen Angriff auf Bastianinis Bestzeit und setzte sich mit 1:42,039 min an die Spitze. Damit war der Honda-Pilot 0,310 sec schneller als Bastianini. Da Öttl die Streckenmarkierungen überfahren hatte, wurde ihm diese Rundenzeit gestrichen. Er fiel auf den 18. Rang zurück. Jorge Martins Bestzeit von 1:42,039 min reichte aus, um am Sonntag von der Pole-Position in das Moto3-Rennen zu starten. 0,310 sec dahinter lag Enea Bastianini vor dem besten KTM-Pilot Niccolò Bulega, der 0,406 sec verlor. Auf Platz 4 folgte Aron Canet vor Lorenzo Dalla Porta und John McPhee. WM-Leader Bezzecchi wird am Sonntag von der achten Position losfahren. Philipp Öttl musste sich mit 1,1 sec Rückstand und Platz 18 abfinden. Unter den Top-5 befand sich nur ein KTM-Fahrer, unter den Top-10 waren es fünf.