Um 12.35 Uhr gingen die Moto3-Piloten in ihr Qualifying auf dem Automotodrom Brünn. 20 Minuten vor Schluss lag Mahindra-Pilot Jorge Martin vor WM-Leader Brad Binder, Nicolò Bulega, Fabio Di Giannantonio und Enea Bastianini an der Spitze. Philipp Öttl lag auf dem zehnten Rang. Karel Hanika, der den Brünn-GP als Wildcard-Pilot für das deutsche Freudenberg-Team bestreitet, und Hiroki Ono waren bereits zu Boden gegangen. Ono aus dem Honda Team Asia konnte das Training nach kurzer Zeit wieder aufnehmen. Hanika blieben am Ende nur wenige Minuten. Binder, der aktuell 67 Punkte vor dem WM-Zweiten Jorge Navarro liegt, löste Martin an der Spitze ab. Der Südafrikaner war 0,454 sec schneller als der Spanier aus dem Aspar-Team. Enea Bastianini schoss elf Minuten vor dem Ende der Session mit 2:08,042 min an die Spitze. Martin lag nur 0,096 sec dahinter. Neue Bestzeit von Bastianini: 2:07,619 min. Andrea Migno reihte sich 0,324 sec hinter dem Italiener aus dem Gresini-Team ein. In den letzten Sekunden des Qualifyings endete Bastianinis Zeitenjagd noch im Kies der Kurve 5. WM-Leader Brad Binder aus dem Team Red Bull KTM Ajo schnappte sich in letzter Sekunde mit 2:07,785 min die Pole-Position. Nur 0,158 sec dahinter reihte sich Rossi-Schützling Andrea Migno ein. Dahinter folgten Enea Bastianini (Honda), Jorge Martin (Mahindra), Fabio Di Giannantonio (Honda), Nicolò Bulega (KTM) und Niccolò Antonelli (Honda). Philipp Öttl reihte sich als starker Achter ein mit 0,6 sec Rückstand auf die Bestzeit. Der WM-Zweite Jorge Navarro erreichte nur den zwölften Platz vor Karel Hanika, der seine wenige Zeit im Qualifying nutzen konnte.