Der japanische Wildcard-Pilot Rei Sato stürzte mit seiner Honda bereits in den ersten Minuten des zweiten Moto3-Trainings in Motegi. Juanfran Guevara hat es ihm kurze Zeit darauf gleich. Honda-Fahrer Niccolò Antonelli setzte sich vor Fabio Quartararo (KTM), Enea Bastianini (Honda), Jorge Martin (Mahindra) und Weltmeister Brad Binder (KTM) an die Spitze. Philipp Öttl aus dem Team Schedl GP Racing reihte sich auf dem zehnten Platz ein. In Kurve 7 ging Brad Binder mit seiner KTM zu Boden und wurde mit einem Roller in die Box des Teams Red Bull KTM Ajo zurückgebracht. Seine Maschine wurde mit einem Transporter an die Box gebracht. Für den Weltmeister war die Session nach seinem Sturz beendet. Währenddessen stürmte Philipp Öttl auf Platz 4. 20 Minuten vor Schluss lag Nicolò Bulega vor Philipp Öttl an der Spitze. Der Bayer büßte 0,353 sec auf Rossi-Schützling Bulega ein. Kurz darauf stürzte Gabriel Rodrigo aus dem RBA-Team. Hiroki Ono schoss mit seiner Honda und einer Zeit von 1:57,103 min an die Spitze vor Joan Mir, Fabio Quartararo, Enea Bastianini und Nicolò Bulega. In den letzten fünf Minuten schob sich Öttl wieder auf Platz 5 hinter Ono, Navarro und Mir nach vorne. Lorenzo Dalla Porta, der Romano Fenati im VR46-Team ersetzt, ging zu Boden. Auch Ono landete im Kies. Auch Andrea Locatelli stürzte. Enea Bastianini verdrängte Hiroki Ono mit 1:56,982 min vor Platz 1. Er war 0,121 sec schneller als der Japaner. Dahinter folgten Livio Loi (Honda) +0,409 sec, Jorge Navarro (Honda) +0,465, Joan Mir (KTM) +0,583, Francesco Bagnaia (Mahindra) +0,594 und Andrea Migno (KTM) +0,598. Philipp Öttl landete mit 0,688 sec Rückstand auf dem zehnten Platz.