Zu den zahlreichen Sturzopfern im zweiten Moto3-Training von Motegi zählte auch WM-Leader Joan Mir, der in Japan die Chance hat, den Titel zu sichern. Er liegt 80 Punkte vor Romano Fenati. Doch im Regen kam der Spanier nicht zurecht und lag zum Zeitpunkt seines Sturzes auf Platz 18. Bis zum Ende der Session fiel er auf den 21. Rang zurück. Mir verließ das Kiesbett selbstständig und versuchte, seine Honda wieder in Gang zu bringen. Die Bestzeit legte mit 2:10,628 min Romano Fenati auf der nassen Strecke vor. Der Italiener war nur 0,006 sec schneller als Niccolò Antonelli auf der KTM. Dahinter folgten Nicolò Bulega (KTM), Aron Canet (Honda), Nakarin Atiratphuvapat (Honda) und Manuel Pagliani (Mahindra). KTM-Pilot Philipp Öttl sicherte sich mit der KTM des Teams Südmetall Schedl GP Racing den zwölften Platz mit 1,3 sec Rückstand.