Die Sonne hatte sich in Brünn durchgesetzt, doch nach dem morgendlichen Regenschauer bot der Asphalt nicht mehr dieselben Gripverhältnisse wie am Freitag. Auch noch nach 10 Minuten stand die Bestzeit von Johan Zarco (F/Derbi) nur bei 2.09,767 min – am Freitag wurde eine volle Sekunde schneller gefahren! Hinter dem Franzosen reihten sich Sandro Cortese (D/Aprilia), Sergio Gadea (E/Aprilia), Alberto Mancayo (E/Aprilia) und Nicolas Terol (E/Aprilia) ein. Die Top-5 lagen nach 20 Minuten innerhalb nur 0,5 sec. Mit 2,7 sec Rückstand belegte Mahindra-Pilot Marcel Schrötter die 22. Position. Bei Trainingshalbzeit pushten sich Terol und Zarco zu immer schnelleren Zeiten. Abwechselnd führten die beiden die Zeitenliste an, bis sich Terol mit einer 2.08,768 min Runde für klare Verhältnisse sorgte. Damit war der Spanier eine halbe Sekunde schneller als der Derbi-Pilot! Der Drittplatzierte Efren Vazquez (E/Derbi) hatte bereits 0,8 sec Rückstand. Zehn Minuten Schluss lag Cortese nur noch auf Position 7. Wie die meisten Piloten war der Deutsche in der Boxengasse, um sich fürs Finale sich einen frischen Reifen abzuholen. Die aktuellen Top-10: Terol, Zarco, Moncayo, Vazquez, Faubel, Vinales, Cortese, Gadea, Grotzky, Iwema. Für Gaststarter Luca Grünwald war jedoch etwas früher Feierabend. Der 16-jährige Deutsche wurde von seinem Motorrad per Highsider hoch in die Luft geworfen. Mit Schmerzen humpelte der einzige KTM-Pilot im Feld davon. Das Qualifying endet für ihn auf der 26. Position. Im Kampf um die Pole-Position setzte sich am Ende Terol mit einer Bestzeit von 2.08,148 min souverän durch. Den Pole-Rekord von Gabor Talmasci (H) aus 2007 verpasste der Spanier aber dennoch um stattliche 1,5 sec. Startplatz 2 eroberte Johan Zarco; mit Startplatz 3 ist Sandro Cortese beim Meeting in Brünn im Soll. Die erste Startreihe komplettiert Hector Faubel (E). Etwas enttäuschend verlief das Qualifying von Shooting-Star Maverick Vinales (E/16J). Der zweifache Saisonsieger und WM-Dritte geht nur von Position 9 aus der dritten Reihe ins Rennen. Mahindra-Pilot Marcel Schrötter (D) geht von Position 23 in das morgige Rennen.