Casey Stoner eröffnete den Trainingstag am Freitagmorgen mit einer Bestzeit von 1.47,289. Zwei Zehntel Sekunden dahinter war Andrea Dovizioso unterwegs. Ducati-Pilot Nicky Hayden freute sich über Rang 3. Im Vorjahr war der US-Amerikaner in Japan nur Zwölfter geworden. Marco Simoncelli musste eine Ausrutscher in Kurve 9 wegstecken, joggte zurück zur Strecke und wurde noch Sechster. Randy De Puniet eröffnete das zweite frei Training nach vier Minuten mit einem ordentlichen Verbremser. Aber nach einem kurzen Ritt durch das Kiesbett erreichte der Franzose wieder unbeschadet die Strecke. Der Italiener Simoncelli legte mit seiner San-Carlo-Gresini-Honda gleich flott los und bot nach wenigen Trainingsminuten eine Runde mit einer Zeit von 1.48,051. Jorge Lorenzo (Yamaha Factory) machte dem Italiener kurzzeitig die Bestzeit streitig, doch der Italiener holte sich den ersten Platz mit einer 1.47,188 zurück. Noch schneller war nach weiteren fünf Trainingminuten der Australier Casey Stoner mit einer Zeit von 1.47,055. Einer Zeit, die genau zehn Minuten Bestand hatte. Dani Pedrosa war mit seiner Repsol-Honda schneller, unterbot die Zeit von Stoner um 0,265 Sekunden und konnte als Erster eine 1.46er-Zeit bieten. Als nächster schaffte Pedrosas Teamkollege Andrea Dovizioso eine Zeit von 1.46,952. Stoner schaffte es in den letzten Trainingsminuten noch, sich an Dovizioso vorbei auf Platz 2 zu drängeln, doch ein Mittel gegen Pedrosa fand auch der Australier nicht. Mit Simoncelli auf Platz 4 gingen die ersten vier Plätze an Honda-Piloten. Ben Spies vom Yamaha-Factory-Team hatte nach fünf Runden bereits Feierabend. Der US-Amerikaner hatte sich einen Infekt eingefangen und zog sich nach einem kurzen Arbeitseinsatz ins Medical Center im Infield der Strecke zurück. Teamkollege Jorge Lorenzo ergatterte Platz 5. Valentino Rossi bot einen kurzen Ausflug ins Grüne, blieb aber auf seiner Ducati sitzen und holte am Ende Platz 8, zwei Ränge hinter seinem Teamkollegen Nicky Hayden. Damian Cudlin drehte bei seinem ersten Ausflug nach Motegi fleissig seine Runden mit der Pramac-Ducati und verbesserte seine Rundenzeiten Stück für Stück. Es reichte zwar wie am Vormittag nur für den letzten Platz, doch mit einer Zeit von 1.51,349 hatte der Australier den Rückstand auf die Spitze auf 4,559 Sekunden verkürzt. Bis zum vor ihm fahrenden Japaner Ito fehlten Cudlin noch 1,676 Sekunden.