Unter dem Flutlicht von Katar absolvierten die Moto3-Piloten am Freitag ihr drittes freies Training. Sky-VR46-Pilot Romano Fenati, der 2012 bereits in seinem zweiten Rennen den ersten GP-Sieg feierte, setzte sich in der Anfangsphase an die Spitze des Moto3-Feldes. Mahindra-Pilot Arthur Sissis nahm nicht am zweiten Trainingstag teil, da der Australier unter Fieber leidet. KTM-Pilot Jack Miller, der bereits bei den Testfahrten der Vorsaison dominierte, eroberte nach fünf Minuten die Spitze. Sein Markenkollege Jakub Kornfeil aus dem Calvo-Team, der bereits im zweiten Training Rang 2 belegt hatte, löste ihn mit 2:06,810 min ab. Halbzeit: Jakub Kornfeil lag noch immer vor Jack Miller, Efren Vazquez, Romano Fenati und Honda-Pilot Alex Márquez. 18 Minuten vor Schluss setzte sich KTM-Pilot Fenati wieder an die Spitze. Er fuhr eine Zeit von 2:06,797 min. Zum Vergleich: Seine bisherige Bestzeit lag bei 2:06,168 min. Bis zu diesem Zeitpunkt hatte sich kein Fahrer außer Rookie Bryan Schouten im Vergleich zum Vortag verbessert. Der deutsche Moto3-Pilot Philipp Öttl lag 14 Minuten vor dem Trainingsende auf Rang 14, während Fenati vor Kornfeil, Rins, Miller und Márquez führte. Luca Grünwald aus dem Kiefer-Team lag zu diesem Zeitpunkt auf Rang 30. Fünf Minuten vor Schluss schnappte sich Honda-Pilot Alex Márquez den ersten Platz der Zeitenliste und verdrängte die KTM-Armada. Doch Romano Fenati schlug mit 2:06,202 min zurück. Zur selben Zeit stürzte Honda-Pilot Efren Vazquez nach einer Berührung mit Husqvarna-Fahrer Niklas Ajo. Nur zwei Minuten später setzte sich der nächste Honda-Pilot an die Spitze. Diesmal war es Alex Rins aus dem Team von Emilio Alzamora. Fenati konterte erneut und legte mit 2:06,121 min die schnellste Zeit des Wochenendes vor. Am Ende lag KTM-Pilot Fenati nur 0,061 sec vor dem Honda-Duo Alex Rins und Alex Márquez. Dahinter folgten Jack Miller, Jakub Kornfeil und John McPhee aus dem Racing Team Germany. Die deutschen Piloten Philipp Öttl und Luca Grünwald erreichten die Plätze 23 und 30.