Bis drei Minuten vor Ende des zweiten Qualifyings stand die gestrige Bestzeit von Jakub Smrz wie festgenagelt an der Spitze der Zeitenliste. Letztendlich sollte auch nur ein Teilnehmer schneller sein als der Tscheche: BMW-Ass Troy Corser, der in Valencia um wenige 1/1000 sec. den Sprung auf das verpasst hatte, gelang eine perfekte Runde und sicherte sich damit in 1.35,621 min. die provisorische Pole-Position. Auf Platz 3 reihte sich Jonathan Rea ein, der mit seiner Ten Kate-Honda die 1.35er-Schallmauer jedoch deutlich verpasste. Weiterhin sehr stark präsentierte sich auch Carlos Checa mit der Althea-Ducati als Viertschnellster. Damit wurde das Ducati-Xerox-Werksteam von den Kunden-Piloten erneut deutlich in den Schatten gestellt: Noriyuki Haga kam hinter Leon Camier (GB/Aprilia) und Leon Haslam (GB/Suzuki) auf Position 7, Michel Fabrizio stellte das zweite Werksbike auf Platz 10 ab. Max Neukirchner konnte sich im zweiten Qualifying um 0,7 sec. steigern und wurde 13.. Erstaunlich schwach waren Max Biaggi (Aprilia/+1,2 sec.) und James Toseland (Yamaha/+1,4 sec.) bisher in Assen unterwegs. Der Italiener, Doppelsieger in Portimao, kam nur auf Rang 16, direkt hinter ihm platzierte sich der zweifache Superbike-Champion. Die beiden Australier Chris Vermeulen (Kawasaki) und Broc Parkes (Honda) qualifizierten sich nach längerer Verletzungspause auf den Plätzen 19 und 20 für die Superpole-Session am Nachmittag. Den Sprung unter die besten 20 verpasst haben dagegen Matteo Baiocco (I/21.) und Roger Lee Hayden (USA/22.), beide von Pedercini-Kawasaki.