Bereits in Runde 5 wurde das Moto2-Rennen in Mugello mit der roten Flagge abgebrochen, da einem Airfence die Luft ausgegangen war. Offenbar hatte die Mistral 610 des stürzenden Xavi Vierge für den Defekt des Airfence gesorgt. Zu diesem Zeitpunkt lag Lowes vor Baldassarri, Lüthi, Nakagami, Rins, Pons und Schrötter. Das Rennen wurde für zehn Runden neu gestartet. Das Rennen sollte zunächst für elf Runden neu gestartet werden. Die Startaufstellung ergab sich aus den Platzierungen nach Runde 3. Die Startplatzierungen für den Neustart: Lowes, Lüthi, Nakagami, Baldassarri, Rins, Pons, 7. Schrötter, Corsi und Zarco. Doch dann ereigneten sich chaotische Szenen: Speed Up-Pilot Simone Corsi sollte wie viele andere Fahrer aus der Boxengasse starten, da sie die Boxengasse zu spät verlassen hatten. Der Start musste erneut verschoben werden, da sich bald mehr Fahrer in der Boxengasse als in der Startaufstellung befanden. Alle Bikes wurden in die Boxengasse zurückgebracht. Das Rennen wurde von elf auf zehn Runden verkürzt. Diese Fahrer mussten vom Ende des Grids in der Reihenfolge ihrer Platzierung in Runde 3 starten: WM-Leader Alex Rins, Edgar Pons, Simone Corsi, Xavier Simeon, Ratthapark Wilairot, Takaaki Nakagami und Julián Simón. Sie alle verließen die Boxengasse für den Neustart nicht rechtzeitig und wurden bestraft. Nun stand also Lowes vor Lüthi, Baldassarri, Axel Pons, 5. Schrötter, Zarco und Cortese in der Startaufstellung. Jonas Folger konnte am Neustart teilnehmen, da sein Schaltproblem behoben werden konnte. Xavier Simeon stürzte in der Besichtigungsrunde. Neustart für zehn Runden: Lüthi schießt wieder an die Spitze. Dahinter folgen Baldassarri, Syahrin, Schrötter, Zarco und Lowes. Runde 1: Baldassarri schnappt sich Lüthi, Syahrin und Schrötter folgen vor Zarco, Lowes und Pons. Schrötter schnappt sich Syahrin, er kontert und zwingt Schrötter nach außen. Runde 2: Baldassarri vor Lüthi, Syahrin, Zarco, Lowes und Schrötter. Aegerter 8., Cortese 10. Mattias Pasini stürzte. Runde 3: Lüthi geht aus dem Windschatten an Baldassarri vorbei in Führung. Syahrin folgt auf Platz 3 vor Zarco, Lowes, Pons und Schrötter. Runde 4: Baldassarri hat Platz 1 zurückeroberte. Auch Zarco schiebt sich an Lüthi vorbei. Schrötter nur noch Elfter. Runde 5: Baldassarri vor Zarco, Lüthi, Syahrin, Lowes, Pons, Aegerter, Morbidelli, Corsi, Cortese. Schrötter fällt weiter zurück – Platz 16. Runde 6: Weltmeister Zarco liegt an der Spitze vor Baldassarri, Lüthi, Lowes, Syahrin, Pons und Aegerter. WM-Leader Alex Rins liegt auf Platz 13. Runde 7: Lokalmatador Baldassarri erobert Platz 1 zurück, doch der Weltmeister kontert. Der Italiener lässt aber nicht locker. Sie bekämpfen sich, während Lüthi sich wieder heranpirscht. Runde 8: Baldassarri liegt vor Zarco, Lüthi, Syahrin und Lowes. Jonas Folger ist 16.; Marcel Schrötter belegt nur noch Platz 19. Runde 9: Zarco fährt 0,1 sec vor Baldassarri, Lüthi hat 0,5 sec verloren. Luis Salom stürzte auf Platz 9 liegend. Letzte Runde: Baldassarri geht als Führender in die letzte Runde, doch Zarco kontert. Lowes schnappt sich Lüthi. Zarco verteidigt Platz 1. Ziel: Weltmeister Johann Zarco siegt mit 0,030 sec Vorsprung vor Lorenzo Baldassarri. Sam Lowes besiegt Lüthi im Kampf um Platz 3. Auf den Plätzen 5 bis 11: Syahrin, Pons, Rins, Morbidelli, Nakagami, Aegerter und Cortese. Jonas Folger sichert als 15. noch einen Punkt, Marcel Schrötter geht als 18. leer aus.