Zu Beginn des Moto3-Qualifyings in Misano setzte sich Honda-Pilot Fabio Di Giannantonio an die Spitze vor Gabriel Rodrigo auf KTM und dem WM-Zweiten Aron Canet. Joan Mir führt die WM-Tabelle mit 64 Punkten auf Aron Canet und 66 auf Romano Fenati an. Aron Canet stürzte in Kurve 15 heftig per Highsider. Der Spanier lag zu diesem Zeitpunkt auf dem siebten Rang. Philipp Öttl hatte 18 Minuten vor Schluss den 16. Rang inne. Di Giannantonio lag weiter an der Spitze. Nicolò Bulega schob sich mit nur 0,022 sec Rückstand auf Platz 2. Jules Danilo stürzte in Kurve 2. Mit 1:42,391 min brach Di Giannantonio den Pole-Rekord von Danny Kent aus dem Jahr 2015. Philipp Öttl schob sich auf den zehnten Rang nach vorne. Die schnellste Zeit Nicolò Bulega wurde gestrichen, da er die Streckenmarkierungen in Kurve 5 überfahren hatte. Er fiel auf Platz 13 zurück. Vier Minuten vor Schluss reihte sich der Großteil der Moto3-Fahrer hinter WM-Leader Joan Mir ein, als sie die Boxengasse verließen. Philipp Öttl lag auf Platz 9. Gabriel Rodrigo stürzte per Highsider und sein Bike riss Livio Loi mit sich. Loi hielt sich schmerzverzerrt die Hand. Enea Bastianini (Honda) schnappte sich mit 1:42,147 min die Pole-Position. 0,173 sec dahinter folgte Jorge Martin (Honda) vor Joan Mir +0,225 sec, Fabio Di Giannantonio (Honda) +0,244 sec, Romano Fenati (Honda) +0,326 sec und Gabriel Rodrigo +0,338 sec als bester KTM-Pilot. Der WM-Zweite Aron Canet landete nach seinem Sturz nur auf dem elften Rang. Philipp Öttl wird von Platz 15 in das Moto3-Rennen von Misano starten.