Die Top-10 der kombinierten Zeitenliste nach den ersten drei Trainings zogen direkt in das Qualifying 2 ein, während die restlichen Fahrer im 15-minütigen Q1 um die letzten zwei Plätze im Q2 kämpften. Repsol-Honda-Pilot Marc Márquez scheiterte nach einem Sturz im FP3 um nur 0,134 sec am direkten Einzug in das Q2. Zum ersten Mal seit dem Mugello-GP 2015 musste Márquez an einer Q1-Session teilnehmen. Zu Beginn des 15-minütigen Q1 setzte sich Aleix Espargaró mit der Aprilia vor Hafizh Syahrin an die Spitze. MotoGP-Rookie Xavier Simeon ging in Kurve 4 zu Boden. Mit 1:39,439 min schnappte sich Márquez acht Minuten vor Schluss Platz 1 vor Pramac-Ducati-Pilot Jack Miller, Hafizh Syahrin (Yamaha), Aleix Espargaró (Aprilia), Franco Morbidelli (Honda) und Bradley Smith (KTM). Márquez verbesserte seine Bestzeit drei Minuten vor dem Ende der Session auf 1:39,374 min und war damit 0,606 sec schneller als Miller. MotoGP-Neuling Tom Lüthi lag mit der Marc VDS-Honda zu diesem Zeitpunkt auf Platz 14, was den 24. Startplatz am Sonntag bedeuten würde. Álvaro Bautista stürzte in Kurve 4, während Márquez eine 1:39,270 min in den Asphalt brannte. Rookie Takaaki Nakagami aus dem LCR-Honda-Team verdrängte Jack Miller von Platz 2. Der Japaner war 0,446 sec langsamer als Márquez. KTM-Testfahrer Mika Kallio stürzte. Zu diesem Zeitpunkt lag er auf Platz 13 vor Lüthi. Marc Márquez und Takaaki Nakagami sicherten sich die letzten beiden Plätze im Qualfiying 2. Jack Miller verpasste das Q2 um nur 0,069 sec und muss sich am Sonntag mit Startplatz 13 begnügen. Auf Platz 4 folgte Hafizh Syahrin (Yamaha) mit 0,662 sec Rückstand vor Alex Rins (Suzuki), Aleix Espargaró (Aprilia), Bradley Smith (KTM), der 0,802 sec einbüßte, Franco Morbidelli (Honda) und Pol Espargaró (KTM). Tom Lüthi blieb auf Platz 14 mit 1,373 sec Rückstand, was den 24. Startplatz bedeutet.