Obwohl die Strecke in Brünn nach einem nächtlichen Gewitter stellenweise noch feucht war und das Training wegen dichten Nebels dreissig Minuten verspätet begann, waren die Zeiten im Vergleich zum Vortag nur unwesentlich langsamer. Der Brite Bradley Smith und sein Bancaja-Aprilia-Teamkollege Nicolas Terol sowie der Drittklassierte Schweizer Randy Krummenacher mit der Aprilia RSA des Stipa-Aprilia-Molenaar-Teams fuhren in einer eigenen Liga. Pol Espargaro als Vierter lag bereits knapp 1,5 Sekunden hinter der Bestzeit zurück. Sandro Cortese als Fünfter verlor fast zwei Sekunden auf Smith, Jonas Folger als Siebter bereits 2,4 Sekunden. Marcel Schrötter belegte Rang 20 mit mehr als fünf Sekunden Rückstand. Der am Vortag schwer gestürzte WM-Leader Marc Marquez verzichtete auf einen Start. Ob er am Nachmittag zur Qualifikation und am Sonntag zum Rennen antreten wird, ist noch offen.