Marco Simoncelli (Gresini Honda), der das zweite Freitraining mit dem zwölften Rang beendet hatte und damit erstmals seit seinem MotoGP-Umstieg nicht ganz hinten am Tabellenende lag, stürzte bereits nach acht Minuten des Qualifyings und musste auf das Ersatzmotorrad umsteigen. Mika Kallio, verblüffender Fünfter des zweiten Trainings, lag eine Runde später mit der Pramac-Ducati ebenfalls im Kies. Sowohl Simoncelli und Kallio blieben unverletzt, kamen aber nicht mehr über die Plätze 15 und 12 hinaus. Nach einer Viertelstunde lag ein Fahrer an der Spitze, den keiner erwartet hatte: Dani Pedrosa mit der Repsol-Werkshonda. Mit 1:56,225 legte er gleich zu Beginn des Qualifyings die schnellste Runde hin, die er an diesem Wochenende bisher gedreht hatte. Kurz darauf waren die Dinge aber wieder so, wie sie seit drei Jahren in Katar immer sind: Casey Stoner führte mit der Marlboro-Ducati mit einer Zeit von 1:55,575 min, die Konkurrenz inklusive Valentino Rossi (Fiat Yamaha) lag zu diesem Zeitpunkt mindestens eine halbe Sekunde zurück. Doch Stoner wird der Sieg nicht geschenkt werden: Nach dreissig von total sechzig Minuten übernahm Rossi mit 1:55,478 min die Führung. Stoner war also gefordert, noch einmal zuzulegen. Das tat der Australier auch und holte sich die Führung mit 1:55,024 sofort zurück. Pedrosa hielt zu diesem Zeitpunkt immer noch den dritten Rang vor Jorge Lorenzo (Fiat Yamaha) und Honda-Teamkollege Andrea Dovizioso. Stoner und Rossi lagen aber bereits mehr eine Sekunde vor dem Rest des Feldes. Eine Viertelstunde vor Schluss drängten Randy de Puniet (LCR Honda) und Colin Edwards (Tech3 Yamaha) auf die Ränge 3 und 4 nach vorn, der an der Hand verletzte Jorge Lorenzo (Fiat Yamaha) hielt Rang 5. In den letzten fünf Minuten wurden die letzten weichen Hinterreifen verheizt; für das Rennen morgen setzen alle auf harte Reifen. Stoner verbesserte seine Zeit auf 1:55,007 min, Rossi verlor als Zweiter 0,439 Sekunden auf den Australier. Weitere drei Zehntel zurück komplettiert Jorge Lorenzo die erste Startreihe. "Die Ducati läuft hervorragend", erzählte Stoner zufrieden, "ich bin 16 Runden mit den harten Reifen gefahren und habe Topzeiten damit erzielt. Wir sind für morgen bestens gerüstet." Valentino Rossi war mit dem zweiten Platz zufrieden: "Mit harten Reifen und Race-Setting waren wir flott unterwegs. Ich werde alles daran geben, um morgen an Casey dranzubleiben. Aber auch ein zweiter Platz wäre ein guter Start in die neue Saison. Vielleicht finden wir ja für morgen noch eine kleine Verbesserung für das Stet-up." Beste Honda war die private LCR-212V von Randy de Puniet, der als Vierter neben Loris Capirossi (Suzuki GSV-R 800) und Andra Dovizioso (Repsol Honda) in der zweiten Startreihe steht. Bester Rookie im MotoGP-Feld war 250er-Weltmeister Hiroshi Aoyama mit der Interwetten-Honda, der als Zehnter sogar Superbike-Weltmeister Ben Spies hinter sich liess.