Bereits mit seiner ersten schnellen Runde schockte Ducati-Ass Casey Stoner die Konkurrenz: Mit einer tiefen 1:39er Runde stellte der Australier klar, dass er an diesem Tag seinen vierten BMW gewinnen wollte. Nur einer konnte diese Zeit knacken, nämlich Stoner selbst. Neun Minuten vor Ende der 45-minütigen Session brannte der 23-Jährige eine Fabelzeit von 1:38,646 min. in den andalusischen Asphalt. Als fünf Minuten vorm Ende die ersten Regentropfen vom Himmel fielen, konnte selbst ein Valentino Rossi dem Australier nicht mehr gefährlich werden. Für den Yamaha-Pilot blieb mit 0,7 sec. Rückstand nur der zweite Platz.. Altmeister Loris Capirossi (I/Suzuki) sprengte das Fiat-Yamaha-Duo und verwies Jorge Lorenzo auf die vierte Position. Hinter dem Spanier qualifizierte sich Chris Vermeulen mit der zweiten Rizla-Suzuki. Der Australier war der letzte Pilot, der eine 1:39er Zeit fahren konnte. In Abwesenheit des verletzten Dani Pedrosa gab es für Honda nichts zu gewinnen. Als Siebter sorgte Repsol-Pilot Andrea Dovizioso noch für das beste Ergebnis, hatte damit aber sogar hinter Mika Kallio auf der Kunden-Ducati von Pramac-Racing das Nachsehen. Einen schweren Sturz musste James Toseland hinehmen, Der Brite flog in der schnellen ersten Linkurve von seinem Motorrad und schlug hart auf dem Asphalt auf; bewusstlos blieb "JT" im Kiesbett liegen. Um den Tech3-Pilot schnellstmöglich ins Streckenhospital zu bringen, wurde die Session unterbrochen. Später wurde durch die Rennleitung vermeldet, dass der Superbike-Weltmeister von 2004 und 2007 keine schwerwiegenden Verletzungen erlitten hat.