Im Gegensatz zum ersten MX1-Lauf in Agueda zog Weltmeister Antonio Cairoli nach dem Holeshot durch und gewann das zweite Rennen des Tages. Aber der KTM-Werkspilot musste sich zum zweiten in Serie in Sachen Grand-Prix-Sieg Gautier Paulin beugen, der Kawasaki-Star sicherte sich mit dem zweiten Platz den zweiten Triumph 2013 nach dem Bulgarien-GP. Clément Desalle hatte zuletzt drei Mal in Folge in Agueda gewonnen. Diesmal musste sich der Suzuki-Fahrer aus Belgien mit GP-Rang 3 begnügen. Desalle attackierte zwar in der letzten Runde noch Paulin, aber er musste einen spektakulären Sturz hinnehmen und musste froh sein, überhaupt noch den Podestplatz ins Ziel retten zu können. Max Nagl litt im zweiten Lauf an seinem schwachen Start. Für den Honda-Werkspilot war nicht mehr als die siebte Position drin, im GP-Klassement landete der Oberbayer auf Platz 6. Start: Antonio Cairoli sichert sich den Holeshot. Er führt von Gautier Paulin, Jeremy van Horebeek, Clément Desalle und David Philippaerts. Max Nagl nur auf Rang 14. Noch 32 min: Cairoli liegt schon 2,6 sec vor Paulin. Desalle holt von van Horebeek Rang 3. Noch 31 min: Lehta stürzt spektakulär, er hängt mit dem Vorderrad an der Innenseite der Kurve an. Noch 30 min: Desalle schliesst schon zu Paulin auf. Nagl ist auf Rang 9. Noch 29 min: Cairoli, Paulin, Desalle, van Horebeek, de Dycker, Philippaerts, Searle, Nagl, Leok, Strijbos. Noch 26 min: Paulin und Desalle kommen näher an Leader Cairoli heran. Noch 24 min: Philippaerts und Searle zeigen ein faszinierendes Duell um Rang 6. Nagl liegt 1 sec dahinter. Noch 22 min: Searle kann sich an Philippaerts vorbeikämpfen. Noch 19 min: Der Druck von Desalle auf Paulin steigt, Leader Cairoli liegt 2,6 sec vor dem Duo. Nagl weiter auf Rang 8. Noch 15 min: Nagl ist an Philippaerts dran. Es geht um Rang 7. Noch 12 min: De Dycker holt von van Horebeek Rang 4. Noch 9 min: Cairoli führt mit 2,4 sec vor Paulin/Desalle. Nagl weiterhin Achter. Noch 5 min: Nagl vorbei an Philippaerts auf Rang 7. Noch 3 min: Cairoli, Paulin, Desalle, de Dycker, van Horebeek, Searle, Nagl, Philippaerts, Strijbos, Simpson. Noch 2 min: Searle packt van Horebeek auf Rang 5. Noch 1 min: Paulin distanziert Desalle um 2,9 sec. Noch 2 Runden: Desalle attackiert nochmals, holt Paulin wieder ein – aber stürzt heftig über den Lenker! Der dreifache Portugal-GP-Sieger fällt auf Rang 4 zurück. Noch 1 Runde: Desalle ist nur noch Fünfter. Nagl hält Rang 7. Ziel: Cairoli siegt vor Paulin und de Dycker. Dahinter reihen sich Searle, Desalle, van Horebeek, Nagl, Philippaerts, Strijbos, Simpson. Der GP-Sieg geht an Paulin, der Franzose gewinnt seinen zweiten GP in Serie. GP-Rang 2 geht an Cairoli, Rang 3 an Desalle. Nagl auf GP-Rang 6.