In der MotoGP-Klasse war ab der ersten Trainingsrunde die Spannung zu spüren. Wird es Valentino Rossi schaffen, am Sonntag seinen Matchball in Sachen WM-Titel zu verwandeln? Fünfmal konnte Rossi von Malaysia bereits mit dem Siegerpokal nach Hause fahren. In den ersten Runden schauten Jorge Lorenzo (Fiat Yamaha), Randy de Puniet (LCR Honda), Loris Capirossi (Rizla Suzuki) und Valention Rossi (Fiat Yamaha) auf Platz 1 der MotoGP-Klasse vorbei. Rossi legte in seiner dritten fliegenden Runde bereits eine Zeit von 2:02,989 hin und verwies Pedrosa (Repsol Honda) und Casey Stoner (Marlboro Ducati) auf die Plätze 2 und 3. "Es ist ewig her, dass ich mich so auf ein Rennen gefreut habe", liess Stoner noch vor dem Training verlaufen. Bis zur Halbzeit hatte sich Lorenzo seinen Dauer-Konkurrenten Rossi herangearbeitet. Einen Weg am Italiener vorbei fand keiner der MotoGP-Piloten. Rossi führte mit 2:02,864, Lorenzo landete mit 2:02,896 auf Platz 2. Drei Zehntel-Sekunden dahinter lagen Pedrosa und Stoner auf den Plätzen 3 und 4. Nachdem sich Rossi mit seiner Bestzeit fast 20 Minuten an der Spitze halten konnte, war es Stoner, der noch ein Brikett drauf legen konnte und den Italiener mit einer Zeit von 2:02,703 von Platz 1 verdrängte. Auch Lorenzo versuchte sein Glück, verlor allerdings vor allem in den letzten Sektoren wichtige Zehntel. Für Platz 2 reichte es dennoch. Beim Besuch in der Box schüttelte der Spanier missmutig den Kopf. Von seinem Sturz in Australien war Lorenzo noch mit einer ramponierten Nase und einem leicht geschwollen kleinen Finger an der rechten Hand unterwegs. In den letzten Trainingsminuten gewann Stoner den Kampf gegen sich selbst. Mit einer Zeit von 2:02,322 festigte er seinen ersten Platz. Das nützte allerdings wenig. Trotz eher mittelmässiger Laune ging Lorenzo mit einer Zeit von 2:02,180 nach vorne. Daran änderte sich bis zur Ziellinie nichts mehr. Auf Platz 2 landete Stoner, vor Pedrosa und Rossi. Der letzte Platz war bei den letzten Rennen vom Ungar Gabor Talmasci (Scot Honda) abonniert worden. In Sepang gab er die rote Laterne an Aleix Espargaro weiter, der im Pramac-Ducati-Team das Motorrad des verletzten Niccolo Canepa pilotierte. "Ich habe die Daten von Stoner gesehen", erklärte der Spanier, "daher weiss ich sehr gut, dass ich noch viel lernen muss." Das gelang dem Spanier schneller als gedacht. Zehn Minuten vor Trainingsende zog Espargaro an Talmasci vorbei. Doch da war der Ehrgeiz des Ungars geweckt und er zog in der vorletzten Runde am Spanier vorbei.