Mit einer Zeit von 2.08,215 setzte das Team von FCC TSR Honda im freien Training für das am Sonntag stattfindende Acht-Stunden-Rennen von Suzuka eine erste Duftmarke. Kohsuke Akiyoshi, Jonathan Rea und Lorenzo Zanetti verwiesen damit ihre Markenkollegen von MuSASHI RT HARC-PRO (Takumi Takahashi, Leon Haslam, Michael van der Mark) mit einem Rückstand von 0,120 Sekunden auf den zweiten Platz. Bis knapp vor dem Ende des zweimal wegen Unfällen unterbrochenen Trainings führte Monster Energy Yamaha with YSP mit Katsuyuki Nakasuga, Broc Parkes und Josh Brookes die Zeitentabelle an. Die Truppe vom österreichischen Teamchef Mandy Kainz musste sich schließlich mit dem dritten Rang begnügen. Die Mitfavoriten verloren auf die Trainingsschnellsten beachtlich 1,091 Sekunden. Der frischgebackene Moto2-Grand-Prix-Sieger und Suzuka Neuling, der Schweizer Dominique Aegerter, belegte mit seinen beiden erfahrenen japanischen Teamkollegen Yukio Kagayama und Noriyuki Haga vor dem Team von Honda Endurance Racing (Julien da Costa, Sebastién Gimbert, Freddy Foray) und dem besten Kawasaki Team Green (Akira Yanagawa, Kazuki Watanabe, Katsuaki Fujiwara) den vierten Platz. Die beiden Mannschaften von Yoshimura kamen auf die Plätze 7 (Takuya Tsuda, Joshua Waters, Randy de Puniet) bzw. 10 (Kevin Schwantz, Satoshi Tsujimura, Nobuatsu Aoki).