Nach zahlreichen Stürzen und gefährlichen Ereignissen am Freitag plädierten die Fahrer im Meeting der Safety Commission für eine Änderung des Layouts. Nun wird wie 2016 die Formel-1-Schikane gefahren. Zum Vergleich: Die Moto2-Freitags-Bestzeit lag bei 1:49,731 min – allerdings noch auf der für 2017 neu geschaffenen MotoGP-Schikane. Nach den ersten Trainingsminuten der dritten Session lag Alex Márquez aus dem Marc VDS-Team an der Spitze vor Speed Up-Pilot Simone Corsi, WM-Leader Franco Morbidelli und Tom Lüthi, der in der Gesamtwertung noch 13 Punkte hinter Morbidelli liegt. 20 Minuten vor Schluss: Alex Márquez lag mit 1:50,338 min vor Simone Corsi, der 0,301 sec einbüßte, Xavi Vierge auf der Tech3-Maschine, Franco Morbidelli und Tom Lüthi. Bester Suter-Pilot war Sandro Cortese auf Platz 12 mit 0,795 sec Rückstand. Dominique Aegerter aus dem Kiefer-Team preschte mit der Suter auf Platz 2 nach vorne, während Márquez weiter an der Spitze lag. Aegerter verlor nur 0,238 sec. Fünf Minuten vor Schluss riss Mugello-Sieger Mattia Pasini mit 1:50,284 min Platz 1 an sich. Márquez lag 0,054 sec dahinter. In seiner letzten Runden eroberte Alex Márquez Platz 1 zurück - 1:50,208 min. Als Zweiter lag Mattia Pasini 0,076 sec dahinter. Auf Platz 3 folgte Rookie Jorge Navarro +0,229 sec vor Suter-Pilot Dominique Aegerter +0,368 sec, Simone Corsi auf der Speed Up +0,431 sec, Takaaki Nakagami +0,434 sec und KTM-Pilot Miguel Oliveira +0,459 sec. Tom Lüthi erreichte mit 0,625 sec Rückstand den zehnten Rang hinter Franco Morbidelli. Sandro Cortese, Marcel Schrötter und Jesko Raffin landeten auf den Plätzen 16, 17 und 18.