Miguel Oliveira, der im ersten Training von Franco Morbidelli zu Sturz gebracht worden war, brach sich dabei sein rechtes Schlüsselbein und kann seine Teilnahme am Aragón-GP nicht fortsetzen. Im zweiten Training setzte sich früh Jonas Folger aus dem Team Dynavolt Intact GP an die Spitze. Franco Morbidelli löste Folger mit 1:53,953 min ab. Dahinter folgten Sam Lowes, Takaaki Nakagami, Johann Zarco, Tom Lüthi, Alex Márquez, Sandro Cortese und Marcel Schrötter. In Kurve 7 stürzte Mattia Pasini aus dem Italtrans-Team. Elf Minuten vor Schluss lag Morbidelli aus dem Marc VDS-Team noch immer an der Spitze vor Lowes, Folger, Baldassarri, Márquez, Nakagami, Zarco und Lüthi. Cortese und Schrötter lagen auf den Plätzen 10 und 12. In der Schlussphase stürmte Takaaki Nakagami mit 1:53,792 min an der Spitze, Tom Lüthi aus dem Team Garage Plus Interwetten lag nur 0,001 sec hinter dem Japaner. Nakagami verbesserte sich auf 1:53,702 min und wehrte damit Sam Lowes' Angriff auf die Spitze ab. Lowes büßte 0,085 sec auf die Bestzeit ein. Dahinter folgten Tom Lüthi +0,091 sec, Misano-Sieger Lorenzo Baldassarri +0,196 sec, Franco Morbidelli +0,251 sec, Simone Corsi +0,312 sec, Jonas Folger +0,352 sec und WM-Leader Johann Zarco +0,462 sec. Alex Rins, der nur noch drei Punkte Rückstand auf Zarco hat, belegte den 15. Platz. Cortese, Schrötter und der angeschlagene Aegerter belegten die Plätze 11, 14 und 27.