Nach dem Sturzfestival im dritten MotoGP-Training gingen die Moto2-Piloten auf die 5,1 Kilometer lange Strecke des MotorLand Aragón. Miguel Oliveira aus dem Leopard-Team war am Freitag von Franco Morbidelli abgeräumt worden und brach sich dabei das rechte Schlüsselbein. Morbidelli wurde mit einem Strafpunkt belegt und wird in der Startaufstellung einen Platz zurückversetzt. Nach den ersten fünf Trainingsminuten im FP3 lag WM-Leader Johann Zarco vor Alex Márquez, Sam Lowes, Axel Pons, Franco Morbidelli und Jonas Folger an der Spitze. Tom Lüthi aus dem Team Garage Plus Interwetten schob sich mit 1:54,442 min an Zarco vorbei, wurde aber kurz darauf von Márquez, dem Moto3-Weltmeister von 2014, verdrängt. Speed Up-Pilot Xavier Simeon aus dem QMMF-Team stürzte in Kurve 2, während Morbidelli vor Nakagami, Márquez, Lüthi, Lowes, Zarco, Folger und Schrötter an der Spitze lag. Sandro Cortese wurde in Kurve 3 zum nächsten Sturzopfer, nachdem er die Front verloren hatte. 23 Minuten stürmte Jonas Folger aus dem Team Dynavolt Intact GP an die Spitze. Er war 0,252 sec schneller als Morbidelli. 2017 wird das Intact-Team mit Marcel Schrötter und Sandro Cortese auf Suter antreten. Auch Danny Kent ging zu Boden. Johann Zarco setzte sich mit 1:53,656 min an die Spitze. Schrötter schob sich mit der Kalex des AGR-Teams auf Platz 5 nach vorne. Luca Marini stürzte in Kurve 2. Alex Márquez umrundete die 5,1 Kilometer lange Strecke 0,263 sec schneller als Zarco und landete damit auf Platz 1. Der WM-Zweite Alex Rins, der nur noch drei Punkte hinter Zarco liegt, stürzte ebenfalls in Kurve 2 in den letzten Sekunden des Trainings. Rins hatte sich erst von einem Schlüsselbeinbruch erholt. Alex Márquez blieb mit 1:53,340 min am Ende an der Spitze. Zum Vergleich: Die Pole-Zeit 2015 lag bei 1:52,232 min. Hinter dem Spanier folgte Johann Zarco +0,263 sec, Sam Lowes +0,304 sec, Jonas Folger +0,337 sec, Takaaki Nakagami +0,388 sec, Franco Morbidelli +0,447 sec und Marcel Schrötter +0,602 sec. Tom Lüthi belegte den neunten Platz, Jesko Raffin glänzte mit Rang 11. Cortese und der angeschlagene Aegerter belegten die Plätze 16 und 25.