Das Moto3-Qualifying in Motegi brachte viel Abwechslung. Nach zehn Minuten der 40 Minuten langen Session lagen Antonelli an der Spitze vor Efren Vazquez und Alex Rins, der gerade gestürzt war, wie sein Teamkollegen Alex Márquez bereits in FP3. 25 Minuten vor dem Ende stürzte Jack Miller auf der Red Bull-KTM, der in FP3 dominiert hatte, durch einen wilden Highsider. Zwischenstand 17 Minuten vor Schluss: Niccolò Antonelli (Go & Fun-KTM) führt immer noch mit 1:57,320 min vor Miguel Oliveira auf der Werks-Mahindra, Dritter ist Márquez vor Ajo, Vazquez, Rins, Kent, Guevera. 12. Miller. Fenati nicht unter den besten 20. 25. Luca Grünwald, Philipp Öttl droht die letzte Startreihe. Im nächsten Augenblick verbesserte sich Oliveira auf 1:57,318 min, Antonelli rutschte auf Platz 2, dahinter Rins auf Platz 3. Miller nur noch an 14. Stelle vor Masbou und Bagnaia. 32. Öttl vor Ramos. Jack Miller schnappte sich im letzten Run fünf Minuten vor Schluss die zweite Position, sein Teamkollege Karel Hanika stürzte – wie im FP3. Dann setzte sich Motegi-Spezialist Danny Kent, hier schon Moto3-Sieger 2012, eine neue Bestzeit mit 1:57,770, Miller rutschte auf Platz 3 zurück. Lange Gesichter zu diesem Zeitpunkt bei Honda: 8. Rins. 9. Márquez. Dann stürzten Masbou und Ferrari. 24. Grünwald. Am Schluss sicherte Kent dem Husqvarna-Werksteam die erste Moto3-Pole-Position, er liess Antontelli um 0,344 sec hinter sich; John McPhee (SaxoPrint RTG) sicherte sich als Dritter einen Platz in der ersten Reihe. Jack Miller stellte seine Werks-KTM in die zweite Reihe – als Fünfter mit 0,526 sec Rückstand. 7. Márquez. 9. Rins. 25. Grünwald. 33. Öttl, Rückstand 3,335 sec.