Im FP2 fehlte neben Tito Rabat (Avintia Ducati), der schon im Vorfeld des Sepang-GP verletzungsbedingt absagte, auch Miguel Oliveira: Der Tech3-KTM-Pilot musste im ersten freien Training feststellen, dass die Schmerzen an beiden Handgelenken und an der rechten Schulter zu stark waren, um einen Grand Prix durchzustehen. Stattdessen wird der Portugiese für weitere Untersuchungen nach Innsbruck reisen. Gute Nachrichten gab es hingegen für Fabio Quartararo: Er startete im FP1 nicht nur mit Bestzeit (1:59,037 min) in das Heimrennen seines Petronas Yamaha SRT Teams, in der Mittagspause wurde auch offiziell bestätigt, dass der beste Rookie des Jahres in der kommenden Saison genauso wie sein Teamkollege Franco Morbidelli auf einer "A-spec" M1 sitzen wird. Nach zehn Minuten hatten im FP2 erst Johann Zarco (LCR Honda) und Jorge Lorenzo (Repsol Honda) ihre persönlichen Bestzeiten aus der Vormittags-Session verbessert. Damit lagen sie in der kombinierten Zeitenliste als 12. bzw. 18. aber noch außerhalb der Top-10. Repsol-Honda-Star Marc Márquez setzte sich in 2:00,215 min unterdessen knapp vor Suzuki-Ass Alex Rins (+ 0,017 sec) und dem Petronas-Yamaha-Duo Morbidelli (+ 0,121 sec) und Quartararo (+ 0,170 sec) an die Spitze des zweiten freien Trainings. Zur Halbzeit der 45-minütigen Session schob sich Yamaha-Werksfahrer Valentino Rossi auf Platz 3 nach vorne (+ 0,030 sec). Als noch 17 Minuten auf der Uhr standen, verbesserte sich Joan Mir (Suzuki) auf Rang 5 (+ 0,161 sec), er wurde im nächsten Umlauf aber von Quartararo wieder verdrängt. Zehn Minuten vor Schluss blieb Maverick Viñales (Yamaha) in 1:59,845 min als erster Fahrer der Session unter 2:00 min – auf Medium-Hinterreifen. In den Top-10 der kombinierten Zeitenliste gab es zu diesem Zeitpunkt noch keine Veränderungen in Vergleich zum FP1. Aprilia-Pilot Andrea Iannone kam zu Sturz. Erst in den letzten fünf Minuten gab es einige Zeitenverbesserungen: Lorenzo schob sich auf Platz 10 nach vorne, Morbidelli fuhr mit einer 1:59,502 min auf Platz 1 – dort wurde er aber von Quartararo abgelöst, der in 1:58,576 min ganze 0,926 sec schneller war – und erneut die schnellste Runde zeigte, die je auf dem Sepang International Circuit im Rahmen eines Grand Prix gefahren wurde. Jack Miller (Pramac Ducati) übernahm in der Schlussphase Platz 3, aber Andrea Dovizioso (Ducati) und Rossi schoben sich als Zweiter und Vierter noch vor den Australier. Márquez verzichtete hingegen auf einen frischen Soft-Hinterreifen, aber mit seiner Zeit aus dem FP1 war er in der kombinierten Zeitenliste als Sechster souverän in den Top-10. Auch Morbidelli, Viñales und Rins waren ihre persönlichen Bestzeiten bereits in der Vormittags-Session gefahren. MotoGP-Ergebnis, FP2, Sepang: 1. Quartararo, Yamaha 1:58,576 min 2. Dovizioso, Ducati, + 0,630 sec 3. Rossi, Yamaha, + 0,708 4. Morbidelli, Yamaha, + 0,926 5. Miller, Ducati, + 1,017 6. Aleix Espargaró, Aprilia, + 1,131 7. Crutchlow, Honda, + 1,135 8. Bagnaia, Ducati, + 1,198 9. Viñales, Yamaha, + 1,269 10. Rins, Suzuki, + 1,273 11. Mir, Suzuki, + 1,408 12. Petrucci, Ducati, + 1,481 13. Márquez, Honda, + 1,639 14. Zarco, Honda, + 1,692 15. Abraham, Ducati, + 1,901 16. Pol Espargaró, KTM, + 2,082 17. Lorenzo, Honda, + 2,129 18. Iannone, Aprilia, + 2,614 19. Kallio, KTM, + 3,441 20. Syahrin, KTM, + 3,853 MotoGP, kombinierte Zeitenliste nach FP2, Sepang: 1. Quartararo, Yamaha 1:58,576 min 2. Morbidelli, Yamaha, + 0,534 sec 3. Dovizioso, Ducati, + 0,630 4. Viñales, Yamaha, + 0,642 5. Rossi, Yamaha, + 0,708 6. Márquez, Honda, + 0,941 7. Rins, Suzuki, + 0,970 8. Miller, Ducati, + 1,017 9. Aleix Espargaró, Aprilia, + 1,131 10. Crutchlow, Honda, + 1,135 11. Bagnaia, Ducati, + 1,198 12. Mir, Suzuki, + 1,408 13. Petrucci, Ducati, + 1,481 14. Zarco, Honda, + 1,692 15. Abraham, Ducati, + 1,901 16. Pol Espargaró, KTM, + 2,082 17. Lorenzo, Honda, + 2,129 18. Iannone, Aprilia, + 2,596 19. Syahrin, KTM, + 3,003 20. Kallio, KTM, + 3,383 Moto2-Ergebnis nach FP2, Sepang: 1. Martin, KTM, 2:05,968 min 2. Nagashima, Kalex, + 0,229 sec 3. Márquez, Kalex, + 0,360 4. Brad Binder, KTM, + 0,442 5. Navarro, Speed-up, + 0,535 6. Lüthi, Kalex, + 0,586 7. Di Giannantonio, Speed-up, + 0,613 8. Vierge, Kalex, + 0,686 9. Pasini, Kalex, + 0,704 10. Augusto Fernandez, Kalex, + 0,712 11. Lowes, Kalex, + 0,804 12. Schrötter, Kalex, + 0,805 13. Gardner, Kalex, + 0,861 14. Marini, Kalex, + 0,926 Ferner: 20. Aegerter, MV Agusta, + 1,346 25. Raffin, NTS, + 2,043 30. Öttl, KTM, + 3,317 31. Tulovic, KTM, + 3,432 Moto3-Ergebnis nach FP2, Sepang: 1. Toba, Honda, 2:12,466 min 2. Suzuki, Honda, + 0,235 sec 3. Darryn Binder, KTM, + 0,258 4. Sasaki, Honda, + 0,311 5. Migno, KTM, + 0,345 6. Canet, KTM, + 0,353 7. Lopez, Honda, + 0,386 8. Fenati, Honda, + 0,386 9. Garcia, Honda, + 0,444 10. Arbolino, Honda, + 0,493 11. Masia, KTM, + 0,557 12. Salac, KTM, + 0,558 13. Dalla Porta, Honda, + 0,803 14. Raul Fernandez, KTM, + 0,831