Wie schon das Moto2-Rennen musste beim Malaysia-GP auch der MotoGP-Lauf in Sepang wegen Regens mit der roten Flagge abgebrochen werden. Der Abbruch erfolgte in der 14. Runde, als der Regen immer stärker wurde. WM-Leader Jorge Lorenzo konnte nur mit viel Geschick einen Sturz abwenden. Zu diesem Zeitpunkt waren andere Fahrer schon gestürzt: Ben Spies hatte es am schlimmsten erwischt, der amerikanische Yamaha-Pilot musste im Medical Center wegen einer möglichen Schulterverletzung eingehend untersucht werden. Gestürzt waren auch Stefan Bradl, Andrea Dovizioso, Cal Crutchlow, Randy de Puniet, Ivan Silva. Die Rennleitung hielt sich zunächst einen Re-Start offen, falls sich das Wetter gebessert hätte. Aber der Regen prasselte unermüdlich auf die Strecke in Sepang, ausserdem dunkelte es bereits ein. Damit wurde das Rennen mit dem Stand nach 13 Runden gewertet, Dani Pedrosa führte zu diesem Zeitpunkt klar. Der Honda-Werksfahrer ging in der zehnten Runde an Jorge Lorenzo vorbei und setzte sich etwas ab. Hinter Lorenzo holte Weltmeister Casey Stoner (Repsol Honda) als Dritter den ersten Podestplatz seit seinem Comeback letzte Woche in Japan. Das Duo Nicky Hayden/Valentino Rossi sorgte mit den Rängen 4 und 5 für ein starkes Ergebnis für das Ducati-Team. Die beiden Spanier Alvaro Bautista (Gresini-Honda) und Hector Barbera (Pramac-Ducati) platzierten sich auf den weiteren Plätzen. Bereits auf Rang 8 folgte mit Aleix Espargaro (ART-Aprilia) der beste Claiming-Rule-Fahrer, auch James Ellison (ART-Aprilia) schaffte als Neunter den Einzug in die Top-Ten.