Nach 17 Minuten wurde das zweite freie Training in Brünn nach einem Sturz von Yonny Hernandez (Pedercini Kawasaki) in Kurve 5 unterbrochen. Weil jeder Fahrer seit Jahren nur noch ein rennfertiges Motorrad hat, war die Session für den Kolumbianer beendet. Auf inzwischen trockener Strecke lag zu diesem Zeitpunkt Weltmeister Jonathan Rea (Kawasaki) in 1:59,682 min vorne. Zum Vergleich: Schnellste Rennrunde: Cal Crutchlow (2010), Yamaha, 1:59,291 min. Pole-Rekord: Tom Sykes (2012), Kawasaki, 1:58,010 min. In 1:59,448 min kratzte Rea an Crutchlows Rekord, kam mit seiner Bestzeit aber (noch) nicht heran. Kawasaki-Teamkollege Tom Sykes schob sich in der letzten gezeiteten Runde auf Platz 2 (+0,223 sec), ihm folgen in den Top-10 Marco Melandri (Aruba Ducati), Alex Lowes (Pata Yamaha), Chaz Davies (Aruba Ducati), Lorenzo Savadori (Milwaukee Aprilia), Leon Camier (Red Bull Honda), Loris Baz (Althea BMW), Donington-Doppelsieger Michael van der Mark (Yamaha) und Eugene Laverty (Milwaukee Aprilia). Ducati-Youngster Michael Rinaldi, der sich auf feuchter Strecke am Morgen gegen Ende als Einziger mit Slicks hinauswagte und überragende Bestzeit fuhr, landete auf dem respektablen elften Platz. Jordi Torres strandete mit seiner MV Agusta auf Platz 14 (+1,676 sec). An Patrick Jacobsens Honda aus dem deutschen Triple-M-Team musste nach dem starken ersten Training (Platz 5!) der Motor gewechselt werden, der Amerikaner landete in FP2 auf dem letzten Platz.