Die Moto2-Piloten durften bei strahlendem Sonnenschein und trockener Piste zum zweiten freien Training in Brünn ausrücken. Schon in den ersten Minuten kamen die Fans am Masaryk Ring auf ihre Kosten, denn die Stars der zweitgrössten WM-Klasse verloren keine Zeit und rückten schon in den ersten Minuten aus. Nach knapp drei Minuten leuchteten die ersten Rundenzeiten auf dem Monitor auf, und zuerst durfte sich Dominique Aegerter mit 2:04,685 min über die erste Position freuen. Lange währte diese Freude jedoch nicht, denn kurz darauf übernahm Luca Baldassarri die Spitze. Der Italiener konnte sich aber auch nicht lange halten, nach einigen Wechseln an der Spitze setzte sich zunächst Takaaki Nakagami mit 2:03,032 min durch. Damit kam der Japaner der FP1-Bestzeit von 2:02,611 min, die Alex Márquez am Morgen in den Asphalt gebrannt hatte, schon nahe. Schnell war auch Alex Rins unterwegs. Der WM-Zweite, der am Morgen noch mit 1,7 sec Rückstand den 17. Platz belegt hatte, gehörte nach einer Rückkehr zum Grund-Set-up in den ersten 15 Minuten zu den schnellsten Zehn. Dem Spanier wurde jedoch eine Rundenzeit gestrichen, weil er neben der Strecke unterwegs war. Das gleiche Schicksal ereilte Mattia Pasini, der in der zweiten Kurve zu weit ausholte. Nach den ersten 25 Minuten führte Nakagami die Zeitenliste vor Márquez, Baldassarri, Jonas Folger, Franco Morbidelli, Hafizh Syahrin, Marcel Schrötter, Johann Zarco, Tom Lüthi und Simone Corsi an. Hinter den Top-10-Piloten reihten sich Danny Kent, Miguel Oliveira, Sam Lowes, Rins, Ryan Gardner, Luca Marini, Sandro Cortese, Mattia Pasini, Ratthanpark Wilairot, Xavi Vierge, Aegerter, Jesko Raffin, Axel Pons, Julian Simon, Xavier Simeon, Isaac Viñales, Edgar Pons, Robin Mulhauser und Anthony West ein. Fünf Minuten später setzte sich Baldassarri mit 2:02,632 min an die Spitze der Zeitentabelle. Der Forward-Kalex-Pilot gab sich damit aber nicht zufrieden. Der 19-jährige Italiener legte noch einmal nach und unterbot mit 2:02,336 min die FP1-Bestzeit von Márquez. Nach einer weiteren Runde, in der er sich jedoch nicht verbesserte, steuerte er die Box an. Mit einer starken Runde und einer Zeit von 2:02,694 min setzte sich Oliveira auf die vierte Position. Auch Lüthi gab richtig Gas und sicherte sich mit 2:02,355 min den zweiten Platz auf der Zeitenliste. Daran kam auch WM-Leader Zarco nicht heran, er reihte sich mit 2:02,621 min hinter dem Schweizer ein. Auch in den letzten zwölf Minuten wurden die Fans an der Strecke unterhalten. Erst legte sich Marini Ausgangs der siebten Kurve mit einem Highsider hin, kurz darauf rückte Baldassarri noch einmal aus. Knapp fünf Minuten vor dem Ende des Trainings trumpfte auch Danny Kent noch einmal auf. der Brite, der schon am Morgen mit der viertschnellsten Runde beeindruckt hatte, setzte sich mit 2:02,469 auf die dritte Position, von der er WM-Leader Zarco verdrängte. Der Franzose liess das natürlich nicht auf sich sitzen und unterbot die Zeit des Leopard-Kalex-Piloten mit 2:02,399 min. Wie Lüthi nutzte der Ajo-Kalex-Fahrer die letzten Minuten, um noch einmal richtig aufzudrehen. Im Gegensatz zu Lüthi konnte sich Zarco auf seiner 17. Runde aber nicht verbessern. Allerdings gab er auf seiner allerletzten Runde noch einmal richtig Gas und sicherte sich mit 2:02,277 min die Bestzeit vor Lüthi, der nur zwei Tausendstel langsamer blieb. Dahinter reihten sich Baldassarri, Nakagami, Kent, Oliveira, Lowes, Márquez, Syahrin, Folger, Morbidelli, Pasini, Schrötter, Axel Pons, Corsi, Aegerter, Rins, Cortese, Wilairot, Simon, Simeon, Vierge, Gardner, Viñales, Raffin, Marini, Edgar Pons, Mulhauser und West ein.