Das zweite Moto3-Training in Silverstone fand bei trockenen Bedingungen statt. Brad Binder aus dem Team Red Bull KTM führt die Gesamtwertung mit 61 Punkten Vorsprung auf Jorge Navarro an, der 2017 und 2018 für das Gresini-Team in der Moto2-Klasse antreten wird. Wie schon im FP1 setzte sich umgehend Mahindra-Pilot Francesco Bagnaia an die Spitze. Nicolò Bulega aus dem VR46-Team löste Bagnaia ab. Tatsuki Suzuki erlebte elektronische Probleme mit seiner Mahindra und kehrte zu Fuß an die CIP-Box zurück. 26 Minuten vor Schluss schnappte sich Binder Platz 1 vor Martin, Antonelli und Bagnaia. Auch Antonelli erlebte technische Probleme an seiner Honda. Halbzeit: Binder lag mit 2:15,945 min vor Martin +0,066 sec, Navarro +0,446 sec, Antonelli +0,449 sec und Bagnaia +0,571 sec. Damit lag Binder noch über Bagnaias Bestzeit aus dem FP1. Philipp Öttl hatte den 19. Platz inne. Jorge Navarro umrundete die 5,9 Kilometer lange Strecke noch 0,006 sec schneller als Binder. Mit 2:15,510 min legte Francesco Bagnaia, der 2017 für das VR46-Team in der Moto2-Klasse antreten wird, die bis dahin schnellste Zeit beider Trainings vor. Er war 0,429 sec schneller als Navarro. Doch der Spanier aus dem Team Estrella Galicia 0,0 konterte mit 2:15,110 min. Navarro flog erneut um die Strecke: 2:14,961 min. Brad Binder schob sich auf Platz 2 und legte wieder Sektor-Bestzeiten vor. Navarro verbesserte seine Zeit auf 2:14,871 min. Diese Zeit konnte Binder jedoch unterbieten: 2:14,686 min. Eine weitere Runde blieb Navarro noch, um zu kontern. Er legte eine Bestzeit im ersten und dritten Sektor vor. Am Ende schoss er mit 2:14,420 min wieder an die Spitze. Damit lag Navarro 0,266 sec vor Binder. Zum Vergleich: Die Pole-Zeit 2015 lag bei 2:12,440 min. Honda-Pilot Fabio Di Giannantonio büßte auf Platz 3 bereits ganze 0,924 sec ein. Dahinter folgten Jorge Martin (Mahindra), Enea Bastianini (Honda), Francesco Bagnaia (Mahindra), Niccolò Antonelli (Honda), Aron Canet (Honda), Hiroki Ono (Honda) und Jules Danilo (Honda). Philipp Öttl aus dem Schedl-Team belegte den 17. Platz mit 2:17,895 min.