Die drei Red Bull KTM Ajo-Piloten Brad Binder, Miguel Oliveira und Karel Hanika rückten wie angekündigt zusammen aus. Binder und Hanika sollten Oliveira ihren Windschatten bieten, damit der Portugiese sich für den WM-Kampf am Sonntag die bestmögliche Ausgangsposition sichern kann. Nach den ersten Runden führte Jakub Kornfeil aus dem SIC-Team die Zeitenliste vor Isaac Viñales, Jorge Navarro, Zulfahmi Khairuddin und Miguel Oliveira an. Karel Hanika stürzte früh in Kurve 2. Tatsuki Suzuki ging schon vor dem Tschechen zu Boden. John McPhee, der neben Masbou im Racing Team Germany für 2016 fix ist, schoss an mit 1:39,364 min an die Spitze und verdrängte Kornfeil. WM-Leader Danny Kent lag nur auf Platz 9. Jorge Navarro löste McPhee ab und übernahm Platz 1. Philipp Öttl lag zu diesem Zeitpunkt auf dem 15. Rang vor Andrea Migno und Danny Kent. Zehn Minuten vor Schluss lag wieder McPhee vor Fenati, Bastianini, Antonelli, Binder, Kornfeil und Oliveira an der Spitze. Öttl lag auf Platz 13, Kent hatte nur den 17. Rang inne. Die finale Zeitenjagd der Moto3-Piloten begann fünf Minuten vor Trainingsende. Kents Leopard-Teamkollege Efren Vazquez drängte sich zwischen Oliveira und Binder. Öttl schob sich auf Platz 9 nach vorne. John McPhee wird am Sonntag von der Pole-Position in das Moto3-Rennen gehen. Hinter ihm reihten sich Romano Fenati, Efren Vazquez und Miguel Oliveira ein. WM-Leader Danny Kent muss das Rennen von Platz 18 in Angriff nehmen. Er muss den 14. Platz erreichen, um Weltmeister zu werden. Philipp Öttl sicherte sich den 14. Startplatz.