WM-Leader Toni Elias (Gresini Moriwaki), der für das Freitagstraining gesperrt worden war, weil er in Misano unerlaubterweise trainiert hatte, verblüffte die Gegnerschaft, als er bereits nach zwölf Minuten des einstündigen Trainings am Samstagmorgen die Spitze der Zeitentabelle übernahm und seine Zeit danach mehrmals weiter unten schraubte. Nach vierzig Minuten führte Elias immer noch vor dem einheimischen Karel Abraham und dem Spanier Sergio Gadea mit der Kalex. Zu diesem Zeitpunkt lagen drei Deutschsprachige in den Top-10. Arne Tode war Vierter, Stefan Bradl Achter und der WM-Zweite Tom Lüthi Neunter. Dominique Aegerter war Zwanzigster, Anthony West mit der MZ lag nur auf dem 39. Rang. Eine Viertelstunde vor Schluss geriet Bradl in einer schnellen Rechtskurve über die Kurbs hinaus und stürzte heftig. Der Deutsche blieb aber unverletzt. Nach dem üblichen Schlussspurt hatte Elias 0,107 sec Vorsprung auf Iannone, 0,201 sec auf Takahashi und 0,330 sec auf Tomizawa. 13 Fahrer klassierten sich innerhalb einer Sekunde. Tode verlor als bester Deutschsprachiger 1,009 Sekunden auf die Bestzeit von Elias. Bradl fiel nach seinem Sturz auf 20 zurück, Lüthi wurde nur 22. Aegerter folgte direkt dahinter, während West die MZ nur auf den 34. Rang brachte.