Wie schon am Freitag setzte sich Weltmeister Tito Rabat aus dem Marc VDS-Team an die Spitze vor Dominique Aegerter und Julián Simón. Kurz darauf katapultierte sich Jonas Folger auf Platz 3. Rabat verbesserte seine Zeit mehrmals. Sandro Cortese aus dem Team Dynavolt Intact GP verdrängte zuerst Folger vom dritten Rang, bevor er sich auf Platz 2 nach vorne schob. Im letzten Jahr feierte der Deutsche hier in Brünn seinen ersten Moto2-Podestplatz. 30 Minuten vor Schluss stürzte Robin Mulhauser aus dem Team Technomag Interwetten, der in Indianapolis seinen ersten WM-Punkt eingefahren hatte. Rabat lag 0,6 sec vor Sandro Cortese, Simone Corsi, Johann Zarco, Alex Márquez und Jonas Folger. Halbzeit: Tito Rabat liegt vor Tom Lüthi, Sandro Cortese, Simone Corsi, Johann Zarco, Alex Márquez, Jonas Folger und Dominique Aegerter. Speed Up-Pilot Julián Simón stürzte wie schon am Freitag. Alex Rins schob sich an Lüthi und Cortese vorbei auf den zweiten Rang hinter Rabat, der 0,195 sec schneller war. 12 Minuten vor Schluss preschte Jonas Folger auf Platz 3 hinter Rabat und Rins. In der Schlussphase verdrängte Luis Salom Jonas Folger von Platz 3. Doch der Deutsche konterte in den letzten Sekunden mit der neuen Bestzeit. Mit 2:02,019 min schnappte sich Jonas Folger im dritten Training die Spitzenposition. Hinter dem schnellen Bayern aus dem AGR-Team reihten sich Tito Rabat, mit 0,174 sec Rückstand, Alex Rins, Franco Morbidelli, Luis Salom und Tom Lüthi ein. Sandro Cortese und Dominique Aegerter belegten die Plätze 9 und 12.