Während WM-Leader Jorge Martin nach einer Radiusfraktur nicht am Moto3-Qualifying teilnehmen konnte, setzte sich zu Beginn Fabio Di Giannantonio vor Albert Arenas die Spitze. Martin hat nur sieben Punkte Vorsprung auf KTM-Pilot Marco Bezzecchi aus dem deutschen Prüstel-Team. Ayumu Sasaki wurde in Kurve 5 per Highsider von seiner Maschine geschleudert. Er wurde in das Medical Center gebracht. Philipp Öttl reihte sich auf dem neunten Platz ein. Der KTM-Pilot war am Freitag der schnellste Moto3-Pilot. Mit 2:08,473 min lag Di Giannantonio 0,083 sec vor Aron Canet. 15 Minuten vor Schluss lag Di Giannantonio vor Canet, Rodrigo, Bastianini, Masia und Foggia. Philipp Öttl schob sich kurz darauf auf den zehnten Platz nach vorne und lag 0,833 sec hinter Di Giannantonio. Vier Minuten vor Schluss rückten die Moto3-Piloten nach und nach zu ihrer finalen Zeitenjagd aus. Auch der zuvor schwer gestürzte Sasaki schwang sich wieder auf seine Maschine. Einige Teams schicken ihre Fahrer jedoch zu spät für eine fliegende Runde auf die Strecke, andere Fahrer warten zu lange auf Windschatten und verloren so die Chance auf eine Verbesserung. Auch Di Giannantonio ging zu spät auf die Strecke. Jubel in Tschechien: Jakub Kornfeil sicherte sich in letzter Sekunde die erste Pole-Position seiner GP-Karriere. Der KTM-Pilot aus dem Prüstel-Team schaffte eine 2:07,981 min. Damit war er 0,419 sec schneller als John McPhee. Es ist die erste Pole-Position eines Tschechen im GP-Sport seit Lukas Pesek 2007 in Misano. Auf Platz 3 folgte Marcos Ramirez vor Philipp Öttl, der 0,464 sec verlor. Der WM-Zweite Marco Bezzecchi wird nur von der 14. Position starten. Der Endstand: 1. Jakub Kornfeil, KTM, 2:07,981 min 2. John McPhee, KTM, +0,419 sec 3. Marcos Ramirez, KTM, +0,445 4. Philipp Öttl, KTM, +0,464 5. Fabio Di Giannantonio, Honda, +0,492 6. Aron Canet, Honda, +0,575 7. Gabriel Rodrigo, KTM, +0,797 8. Nakarin Atiratphuvapat, Honda, +0,904 9. Niccolò Antonelli, Honda, +1,023 10. Enea Bastianini, Honda +1,097 11. Masia 12. Msaki 13. Foggia 14. Bezzecchi, + 1,224 sec 15. Arenas