Alvaro Bautista und Takaaki Nakagami hatten sich im Qualifying 1 durchgesetzt und kämpften im Q2 um die vorderen Startplätze. Zu Beginn des Qualifying 2 war Valentino Rossi der erste Fahrer, der mit einer Zeit von 1:45,804 min Platz 1 übernahm. Lange blieb er da aber nicht, denn Marc Márquez war mit seiner ersten fliegenden Runde um 0,211 sec schneller und meldete seinen Anspruch auf die Pole-Position an. Márquez war unter etwas erschwerten Bedingungen in Q1 gestartet, nachdem er in Q4 seine Rennmaschine bei einem Sturz beschädigt hatte. Acht Minuten vor Schluss war Márquez aber nur Vierter, nachdem Crutchlow mit einer Zeit von 1:44,909 Position 1 übernommen hatte und auch Dovizioso und Iannone schneller waren. Mit seiner nächsten fliegenden Runde griff der WM-Leader aber wieder an und war erneut Zweiter. Fünf Minuten vor Schluss starteten die zwölf Fahrer auf frischen Reifen ihre finalen Angriffe auf die besten Startplätze. Crutchlow, Márquez, Zarco und Dovizioso waren die ersten, die sich um die Pole-Position stritten und Marc Márquez setzte sich erst mal durch. Die Freude dauerte aber nicht lange, denn erst war Miller schneller, dann auch Crutchlow und Zarco. Wenige Sekunden vor Schluss setzte sich Dovizioso durch und übernahm Position 1. Ganz knapp dahinter – nur 0,068 sec – landete Johann Zarco auf der Kunden-Yamaha auf Platz 2. Jack Miller (Ducati) sicherte sich den letzten Startplatz in der ersten Reihe. Crutchlow (Honda), Iannone (Suzuki) und Marc Márquez (Honda) bilden Startreihe zwei. Dahinter folgen Maverick Viñales (Yamaha) , Alex Rins Suzuki) und Valentino Rossi (Yamaha) in Reihe drei, vor Bautista (Ducati), Pedrosa (Honda) und Nakagami Honda). Ergebnis Qualifying Motegi: 1. Dovizioso, 1:44,590 2. Zarco, + 0,068 3. Miller, + 0,137 4. Crutchlow, + 0,230 5. Iannone, + 0,242 6. Márquez, + 0,299 7. Viñales, + 0,550 8. Rins, + 0,635 9. Rossi, + 0,675 10. Bautista, + 0,806 11. Pedrosa + 0,929 12. Nakagami, + 1,578 13. Smith (KTM) 14. P. Espargaró 15. Petrucci 16. Syahrin 17. Morbidelli 18. Abraham 19. A. Espargaró (KTM) 20. Nakasuga 21. Redding 22. Simeon 23. Lüthi 24. Guintoli 25. Torres