Bei strahlendem Sonnenschein kämpften die Piloten der MotoGP-Klasse in Indianapolis um die besten Startplätze. Honda-Pilot Casey Stoner hatte dabei zunächst die Nase vorne, doch der Australier stürzte schwer. Auch Ben Spies und Nicky Hayden flogen durch schwere Highsider ab. Während Spies unverletzt blieb, wurden Stoner und Hayden umgehend in das Medical Centre gebracht. Dani Pedrosa sicherte sich am Ende mit 1:38,813 min die Bestzeit vor Jorge Lorenzo, der WM-Leader büsste 0,100 sec auf seinen Landsmann ein. Pedrosa blieb damit unter dem aktuellen Pole-Rekord von Indianapolis. Hinter den beiden Spaniern folgten Andrea Dovizioso, Ben Spies und MotoGP-Rookie Stefan Bradl. Die erste 1:39er-Runde hatte nicht lange auf sich warten lassen: Casey Stoner brannte bereits nach sieben Minuten eine 1:39,465 min in den Asphalt. Doch gleich darauf sorgte er für eine Schrecksekunde: Der Australier wurde durch einen heftigen Highsider von seiner Honda geschleudert. Im Kiesbett hielt sich Stoner seinen rechten Knöchel und wurde umgehend in das Medical Centre gebracht. Das Qualifying wurde für kurze Zeit unterbrochen. Lokalmatador Ben Spies übernahm anschliessend die Spitze der Zeitentabelle, doch Honda-Pilot Dani Pedrosa konterte mit einer Zeit von 1:39,152 min. Als Spies einen Angriff auf die Bestzeit startete, stürzte er schwer, doch der Amerikaner konnte selbstständig in seine Box zurückkehren. Währenddessen schob sich Yamaha-Teamkollege Jorge Lorenzo auf Rang 2. Ducati-Pilot Nicky Hayden blieb nach einem heftigen Highsider zunächst regungslos auf dem Asphalt liegen. Der Amerikaner winkte seinen Fans zwar aus dem Krankenwagen zu, aber er wurde zur Abklärung von Verletzungen ins Krankenhaus gebracht. Die Sitzung wurde daher acht Minuten vor Schluss erneut unterbrochen. In den letzten Minuten verbesserte Pedrosa erneut seine Zeit und knackte mit 1:38,813 min den bisherigen Pole-Rekord. Lorenzos Attacke auf diese Bestzeit blieb erfolglos.