Während sich WM-Leader [*Person Jorge Lorenzo*] (Fiat Yamaha) mit einer Bestzeit von 1:57,885 min in seiner dritten Runde klar an die Spitze setzte, purzelte der 250-ccm-Weltmeister von 2008, Marco Simoncelli, bereits in seiner zweiten Runde per Highsider aus dem Sattel der Gresini-Honda. Der Italiener griff aber zwanzig Minuten später wieder ins Geschehen ein. Nach zwanzig Minuten hatte Lorenzo seine Bestzeit auf 1:57,319 min heruntergeschraubt, aber Dani Pedrosa, [*Person Valentino Rossi*] – er hat 2008 und 2009 in Brünn gewonnen –, Casey Stoner und Andrea Dovizioso folgten dicht dahinter. Auch [*Person Nicky Hayden*] lag mit der zweiten Werks-Ducati weniger als eine Sekunde zurück. Hinter den sechs Werks-Piloten von Yamaha, Honda und Ducati stritten sich die beiden Texaner [*Person Ben Spies*] und [*Person Colin Edwards*] (beide Yamaha Tech3) vorerst brav um Platz 7 und damit die Ehre des besten Privat-Piloten. Nach weiteren zwanzig Minuten hatte sich das Bild aber dramatisch gewandelt. Pedrosa führte jetzt mit 1:57,161 min – Rossis Pole-Position von 2009 war rund eine Sekunde schneller – knapp vor dem überraschenden Tech3-Duo Spies und Edwards. Lorenzo und Rossi folgten auf den Rängen 4 und 5, dann Dovizioso, Hayden und [*Person Casey Stoner*]. Die ersten Acht lagen innerhalb einer halben Sekunde. Fünf Minuten später übernahm Spies sogar die Führung! Doch Pedrosa und Lorenzo konterten sofort, während Hayden übers Vorderrad stürzte und sich die linke Hand prellte. Etwas später flog auch [*Person Héctor Barbera*] mit der Amarillas-Ducati aus dem Sattel. Doch vier Minuten vor Schluss führte Spies erneut mit 0,013 sec Vorsprung auf [*Person Dani Pedrosa*] und Lorenzo! Und gleich danach stürzten Rossi und Lorenzo in derselben Runde! Pedrosa verhinderte die Sensation, als er Spies in seiner zweitletzten Runde noch von der Pole-Position verdrängte. Nicht zum Qualifying angetreten war Rizla-Suzuki-Pilot [*Person Alvaro Bautista*], der nach seinem schweren Sturz im Freitraining vom Morgen mit Rückenwirbelverletzungen ins Spital eingeliefert werden musste.