Repsol-Honda-Pilot Dani Pedrosa übernahm nach 15 Minuten mit einer Zeit von 1:45,966 die erste Position im Qualifying der Königsklasse auf dem Twin Ring Motegi. Hinter dem Spanier reihten sich sein Teamkollege Casey Stoner und Weltmeister Jorge Lorenzo ein. Routinier Colin Edwards fiel nach einem wilden Ritt durch das Kiesbett von seiner Tech3-Yamaha. Auch sein Teamkollege Cal Crutchlow fand sich zuvor kurz neben der Strecke wieder. Einige Minuten später verabschiedete sich der Gresini-Honda-Pilot Marco Simoncelli per Sturz über das Vorderrad in den Kies. Bei Halbzeit hatte sich nicht viel an den Spitzenpositionen geändert. Dani Pedrosa lag immer noch vor Casey Stoner (Repsol Honda Team), der einen Rückstand von 0,091 Sekunden hatte. Es folgten Jorge Lorenzo (Yamaha Factory Racing) mit 0,096 Sekunden, Andrea Dovizioso (Repsol Honda Team) mit 0,574 Sekunden, Marco Simoncelli (San Carlo Honda Gresini) mit 0,764 und Valentino Rossi (Ducati Team) mit 1,040 Sekunden Rückstand auf den kleinen Spanier. 12 Minuten vor Schluss schnappte sich WM-Leader Casey Stoner die Spitzenposition mit einer Zeit von 1:45,905. Der Australier beeindruckte bereits in der folgenden Runde mit einer neuen Bestzeit von 1:45,683. In den letzten Minuten fuhr auch Rekordweltmeister Valentino Rossi mit seiner Ducati für kurze Zeit neben die Strecke. Weltmeister Jorge Lorenzo hatte die Flinte noch nicht ins Korn geworfen und startete einen erfolgreichen Angriff auf die Bestzeit von Casey Stoner. Er schaffte einen neuen Pole-Position-Rekord mit einer Zeit von 1:45,523 und setzte sich somit an die Spitze. Doch auch der Australier gab nicht auf und konterte mit einer Runde von 1:45,267. Am Ende hatte WM-Leader Casey Stoner die Nase vorne. Es folgten Jorge Lorenzo mit 0,256 Sekunden, Andrea Dovizioso mit 0,524 Sekunden, Dani Pedrosa mit 0,699 Sekunden und Ben Spies mit 0,775 Sekunden Rückstand. Valentino Rossi büsste 1,200 Sekunden ein und belegte den siebten Rang.