Kurz nachdem sich YART mit Marvin Fritz, Karel Hanika und Jason O’Halloran Platz 3 hinter den beiden Suzuka-Werksteams von Honda und Yamaha geschnappt hatte, ging Michael van der Mark auf der BMW vorbei an O’Halloran auf Rang 3. Der Australier wollte die Pace des schnellen Niederländers mitgehen, stürzte dann jedoch in der letzten Schikane. Der Weg an die Box war zwar kurz, aber der Zeitverlust war mit Reparatur mehr als fünf Minuten. O’Halloran ging wieder auf die 5,8 km lange Strecke raus, aber nach nur vier Runden musste er erneut zu seiner Crew in die Box kommen. Marvin Fritz übernahm die R1 auf Platz 31, die Rundenzeiten spiegeln seitdem nicht mehr den eigentlichen Speed des WM-Leaders wieder. Katastrophal wurde es dann auch für BMW Motorrad World Endurance, die Platz 3 verloren haben. Van der Mark brach auf der Start- und Zielgeraden die rechte Fußrastenanlage, sodass er eine Runde ohne Hinterradbremse und Unterstützung zurück zur Box fahren musste. Bei der Boxeneinfahrt geriet die Fußraste unter das Hinterrad, sodass er sogar noch einen Sturz hinnehmen musste. Nach Behebung des Problems ging es für BMW und Markus Reiterberger auf Rang 18 weiter. Marcel Schrötter hatte sich unterdessen mit seinem Ducati-Team von Yukio Kagayama auf Platz 6 nach vorne gearbeitet, als er mit einer langsameren Maschine in der Schikane kollidierte und beide Fahrer stürzten. Der bayrische Supersport-WM-Pilot brachte die Panigale V4R zurück zu seiner Crew und das Bike verbrachte viel Zeit in der Box. Auch das führende Superstock-Team No Limits Honda sowie das Team Rac41 (Honda) kamen in Probleme. Die Nummer 44 rollte aus mit Gabriele Giannini, Takeshi Ishizuka stürzte in Kurve 1. Nach 3,5 Stunden liegt Honda HRC (Zarco, Takahashi) vor Yamaha Racing (Miller, Lokatelli, Nagasuga) und SDG HARC-Pro. mit Yuki Kunii, Keito Abe und Teppei Nagoe. Das Team AutoRace Ube belegt als bestes BMW-Team mit Davey Todd, Loris Baz und Naomichi Uramoto den vierten Platz vor der CN Challange-Suzuki mit Albert Arenas, Takuya Tsuda und Etienne Masson, die in der Experimental-Klasse starten, da sie mit Biosprit und umweltfreundlichen Materialien im Bereich Reifen und Verkleidung fahren. Das BMW-Werksteam belegt zu diesem Zeitpunkt Platz 17, noch hinter Jonas Folger, der mit seinem Suzuki-Team auf Rang 14 liegt und hinter Yoshimura SERT Motul (Platz 7). YART fährt mittlerweile ohne elektronische Hilfen auf Platz 23, Motobox Kremer Racing ist mit Daniel Rubin, Sheridan Morais und Twan Smits auf Position 30 unterwegs.