Vor dem Qualifying in Barcelona hatten die Moto3-Piloten ein 55-minütiges Training, um die neue Streckenführung kennenzulernen. Nach dem tragischen Unfall von Luis Salom am Freitag, nach dem der 24-Jährige verstarb, wurde der Streckenverlauf auf dem Circuit de Barcelona-Catalunya geändert. Auf die Kurve 12 wird daher ab dem Samstag verzichtet, es wird die Formel 1-Schikane vor der Zielkurve gefahren. Noch in der Nacht wurden dafür Anpassungen an der Strecke vorgenommen, um die Sicherheit zu verbessern. Rookie Aron Canet aus dem Team Estrella Galicia 0,0 von Emilio Alzamora setzte sich vor Niccolò Antonelli an die Spitze, doch er wurde bald von seinem Teamkollegen Jorge Navarro abgelöst. Der Spanier belegt mit 49 Punkten Rückstand auf Brad Binder WM-Rang 2. Canet konterte mit 1:54,970 min. Er war 0,142 sec schneller als sein Honda-Kollege Navarro. Dahinter folgten Antonelli, Bulega, Bastianini und Binder. Der angeschlagene Philipp Öttl reihte sich auf Platz 29 ein. Mahindra-Pilot Francesco Bagnaia fuhr nach einem Problem mit seinem Bike in das Kiesbett und kehrte im Anschluss an die Box zurück. Mit 1:54,691 min eroberte Navarro Platz 1 der Zeitenliste zurück. Canet lag 0,279 sec dahinter, während sich Juanfran Guevara aus dem RBA-Team auf die dritte Position nach vorne schob. Enea Bastianini verdrängte Canet von Rang 2. Navarro verbesserte seine Bestzeit auf 1:54,408 min. Hinter ihm lagen Bastianini, Pawi, Migno und Antonelli. Philipp Öttl hielt sich auf dem 26. Rang. Sechs Minuten vor Schluss strömten die Moto3-Piloten für ihre finale Zeitenjagd auf die Strecke. WM-Leader Brad Binder preschte mit Sektor-Bestzeiten um die Strecke und stürmte mit 0,024 sec Vorsprung auf Antonelli an die Spitze. Antonelli konterte, doch Binders letzte Runde war 0,054 sec schneller als jene von Antonelli. Mit 1:54,024 min sicherte KTM-Pilot Binder die erst zweite Pole-Position seiner GP-Karriere. Dahinter folgten Antonelli (Honda), Navarro (Honda), Bulega (KTM), Bastianini (Honda), Pawi (Honda), Bagnaia (Mahindra), Danilo (Honda), Canet (Honda) und der WM-Dritte Fenati (KTM). Philipp Öttl wird am Sonntag nur von Position 28 starten. Er verlor 1,9 sec auf die Bestzeit. Binders Bestzeit war durch die neue Streckenführung 3,887 sec langsamer als die Pole-Zeit 2015.