Der WM-Zweite Jorge Navarro setzte sich zu Beginn des Moto3-Qualifyings in Motegi vor seinem Estrella Galicia 0,0-Teamkollegen Aron Canet an die Spitze der Zeitenliste. Navarro kämpft gegen Eneas Bastianini um den Vizetitel hinter Brad Binder. Vor dem Japan-GP liegt Navarro vier Punkte vor Bastianini. Mahindra-Pilot Stefano Valtulini stürzte früh. Zur Halbzeit lag Lokalmatador Hiroki Ono an der Spitze vor Jorge Navarro, Fabio Quartararo, Niccolò Antonelli und Juanfran Guevara. Philipp Öttl aus dem Schedl-Team hatte den 16. Platz inne. Quartararo stürzte mit der KTM des Leopard-Teams, setzte seine Fahrt aber umgehend fort. Philipp Öttl stürmte mit seiner KTM auf Platz 4 hinter Bulega, Ono und Migno nach vorne. Mahindra-Pilot Darryn Binder ging zu Boden. Lokalmatador Ono setzte erneut zum Angriff auf Bulegas Bestzeit an und schnappte sich mit 1:56,443 min die Spitze. Andrea Migno preschte auf Platz 2. Antonelli stampfte nach einem Sturz durch den Kies. Hiroki Ono aus dem Honda Team Asia schnappte sich beim Heim-GP für sich, sein Team und Hersteller Honda Platz 1 im Qualifying. Die Zuschauer auf den Tribünen jubelten. Seine Bestzeit von 1:56,443 min war 0,086 sec schneller als die Zeit von Andrea Migno. Dahinter folgten Brad Binder, Enea Bastianini, Nicolò Bulega und Lorenzo Dalla Porta. Philipp Öttl sicherte den zehnten Startplatz für das Team Schedl GP Racing. Aber: Ono wird wegen unverantwortlicher Fahrweise aber drei Startpositonen zurückversetzt. Das bedeutet, dass Andrea Migno auf die Pole-Position nach vorne rückt.