Auch das Moto3-Qualifying in Motegi fand auf nasser Fahrbahn statt. Zu Beginn setzte sich Mahindra-Pilot Albert Arenas vor Nicolò Bulega auf der KTM des Sky VR46-Teams an die Spitze. Der deutsche Moto3-Pilot Philipp Öttl reihte sich auf dem 13. Rang ein. In Kurve 14 musste Arenas dann jedoch einen heftigen Highsider verkraften. Aron Canet führte die Zeitenliste 13 Minuten vor Schluss mit 0,286 sec Vorsprung auf Nicolò Bulega an. Dahinter folgte der WM-Zweite Romano Fenati, der 80 Punkte hinter dem Gesamtführenden Joan Mir liegt. Mir, der am Freitag mit Reifenproblemen zu kämpfen hatte, schob sich auf Platz 10 nach vorne. Neun Minuten vor Schluss schnappte sich Bulega mit 2:10,237 min Platz 1 vor Canet, der 0,421 sec einbüßte. Philipp Öttl preschte mit 0,860 sec Rückstand auf die fünfte Position nach vorne. Mit 2:09,688 min sicherte sich Nicolò Bulega (KTM) die Pole-Position für den Japan-GP. WM-Leader Joan Mir kam nicht über Platz 14 hinaus. In der Schlussphase fiel auch Philipp Öttl weit zurück und wird am Sonntag nur von der 21. Position losfahren. Die Ergebnisse des Moto3-Qualifyings: 1. Nicolò Bulega (KTM) 2:09,320 min 2. Niccolò Antonelli (KTM) +0,272 sec 3. Aron Canet (Honda) +0,388 4. Marco Bezzecchi (Mahindra) +0,477 5. Enea Bastianini (Honda) +0,526 7. Romano Fenati (Honda) +0,561 8. Gabriel Rodrigo (KTM) +0,907 9. Manuel Pagliani (Mahindra) +0,985 10. Andrea Migno (KTM) +1,000 Ferner: 14. Joan Mir (Honda) +1,260 sec ... 21. Philipp Öttl (KTM) +1,777 sec