Marco Simoncellis Mannschaft vom Team San Carlo Honda Gresini war zwischen den beiden Trainings fleissig und hatten die Honda des Italieners nach dessen Sturz im ersten Training wieder gerade gebogen und er konnte pünktlich zum Start des zweiten Trainings auf die Strecke einbiegen. Jorge Lorenzo (Yamaha Factory), Andrea Doviziosio (Repsol Honda) und Alvaro Bautista (Rizla Suzuki) hiess nach der ersten gezeiteten Runde die Reihenfolge im zweiten freien Training der MotoGP-Klasse. Nach acht Minuten wurde Lorenzo vom Austalier Casey Stoner mit einer Zeit von 1.57,373 abgelöst. Zwei Minuten später unterbot Dani Pedrosa (Repsol Honda) Stoners Zeit und setzte sich mit einer Zeit von 1.57,159 an die Spitze. Eine Runde später unterbot der Spanier seine eigene Zeit um satte 0,5 Sekunden. Auf Platz 2 war Lorenzo mit seinem neuen Helmdesign unterwegs. Als Motivgeber hatte sich der Mallorquiner den 80er-Jahre-Film Top Gun mit Tom Cruise in der Hauptrolle rausgesucht. Simoncelli hatte zur Halbzeit-Pause die drittschnellste Zeit vorgelegt. Valentino Rossi (Ducati Team) war nach 23 Trainingsminuten 13, wurde aber wenig später von Randy de Puniet (Pramac Ducati) um einen weiteren Platz nach hinten verdrängt. Anschliessend ging es zurück auf Platz 15. Auch Landsmann Loris Capirossi (Pramac Ducati) drängelte sich vorbei. In den nächsten Minuten drehten alle MotoGP-Piloten fleissig ihre Runden. Doch einen Weg an Pedrosa fand keiner der Mistreiter. Stoner fuhr die zweischnellste Zeit, war aber immer noch 0,526 Sekunden langsamer als Pedrosa. Obwohl der eine oder andere Pilot zu einer schnellen Runde ansetzte, blieb es bei der Bestzeit des Spaniers, der seine eigene Zeit auf eine 1.56,454 verbesserte. Auf Platz 2 landete Stoner vor Simoncelli, Lorenzo, Dovizioso und Ben Spiess. Rossi wurde Siebter. In der letzten Trainingsminute musste noch de Puniet Ausgangs des Omegas zu Boden.