Während Petrus beim zweiten freien Training noch gnädig war, mussten die MotoGP-Piloten im nachmittäglichen Qualifying bei strömendem Regen auf die Piste. Repsol-Honda-Pilot Andrea Dovizioso war der erste auf der Strecke. Das schlechte Wetter forderte auch in der Königsklasse seinen Tribut: Knapp eine Viertelstunde nach Beginn stürzte Randy de Puniet. Der LCR-Honda-Pilot hatte im zweiten freien Training am Morgen noch die viertschnellste Zeit aufgestellt. Der Franzose startet morgen vom sechsten Platz ins Rennen. Auch Marco Melandri fuhr seine Kawasaki am Limit und darüber hinaus: Nachdem er erst auf den 12. Rang vorgefahren war, rutschte er zur Qualifying-Halbzeit von der Strecke. Nur wenige Minuten später flog auch Toni Elias ab. Hektik kam in der Gresini-Box auf, denn seine Honda knallte mit Wucht in die Air-Fences, so dass das Ersatz-Motorrad bereitgestellt werden musste. Pramac-Ducati-Pilot Niccolò Canepa musste mit dem Roller zurück in die Box gebracht werden nachdem er im Kies gelandet war. Acht Minuten vor Schluss erwischte es auch Alex de Angelis. An der Spitze kämpfte Marlboro-Ducati-Pilot Casey Stoner mit dem Yamaha-Werks-Duo Valentino Rossi und Jorge Lorenzo. Auf den letzten Metern holte sich der achtfache Weltmeister die Poleposition. Mit 1:32,520 min distanzierte er seinen Teamkollegen Lorenzo um 0,640 Sekunden. Dahinter klassierte sich Stoner. Ganz zum Schluss setzte auch Loris Capirossi seine Suzuki ins Kies, nur wenige Sekunden bevor die schwarz-weiss karierte Flagge geschwenkt wurde.