Das dritte freie Training in Aragón wurde zu einem großen Misserfolg für Valentino Rossi. Der Yamaha-Star schaffte es nur auf Platz 11 und musste sich deshalb erstmals im Qualifying 1 beweisen. Nur die zwei Schnellsten rücken ins das Qualifying 2 auf. In diesem treten dann die ersten Zehn der drei freien Trainings und die Top-2 aus dem Q1 gegeneinander an und kämpfen um die Startplätze 1 bis 12. In der 15-minütigen Sitzung setzte sich nach der ersten fliegenden Runde Gresini-Honda-Pilot Alvaró Bautista an die Spitze. Rossi lag auf Platz 7 ganze 1,8 sec zurück. Auf Platz 2 hielt sich Héctor Barberá mit der Ducati. Vor zwei Wochen siegte Rossi in Misano, nun schien er den Open-Maschinen nicht Herr zu werden. Sechs Minuten vor Schluss drehte der neunfache Weltmeister endlich auf und eroberte die Spitze. Er distanzierte Bautista jedoch nur um 0,102 sec. Rossi kehrte in die Box zurück und hielt Rücksprache mit dem Yamaha-Team. Sie schickten ihn zurück auf die Strecke – noch drei Minuten. Rossi zog Barberá um die Strecke. Valentino Rossi fuhr mit 1:48,692 min die Bestzeit. Ducati-Pilot Hector Barberá schob Alvaró Bautista von Platz 2. Er wurde auch von Yonny Hernandez und Hiroshi Aoyama auf Platz 5, also Startplatz 15, verdrängt. Karel Abraham stürzte in seiner letzten Runde. Rossi und Barberá rücken damit in das Qualifying 2 auf.