Zu den Top-10 nach dem dritten freien Training gesellten sich im Kampf um die beste Ausgangsposition für das vorletzte Kräftemessen der Saison Cal Crutchlow und Danilo Petrucci, die sich im Q1 durchgesetzt hatten. Nach den ersten fliegenden Runden lag im Q2 Yamaha-Werksfahrer Valentino Rossi in 1:59,313 min auf Platz 1. Im nächsten Umlauf setzte aber Petronas-Yamaha-Jungstar Fabio Quartararo in 1:58,763 min die neue Richtzeit. Auch Marc Márquez und Crutchlow schoben sich im Schlepptau von Quartararo vor Rossi. Maverick Viñales war dann aber noch einmal um 0,087 sec schneller und setzte sich damit an die Spitze. Fünf Minuten vor Schluss lagen mit Viñales, Quartararo und Morbidelli drei Yamaha-Piloten vorne – gefolgt von Crutchlow, Márquez, Miller und Rossi (+ 0,637 sec). Auch im zweiten und letzten Run hängte sich Márquez an das Hinterrad von Quartararo – und ließ sich nicht abschütteln. Als es in die schnelle Runde ging, wurde der Weltmeister aber in Kurve 2 per Highsider abgeworfen. Franco Morbidelli fuhr unterdessen in 1:58,432 min einen neue Bestzeit, aber Viñales schlug zurück und war in seiner letzten Runde um 0,026 sec schneller. Die Pole-Position war aber noch nicht entschieden, denn Quartararo war noch auf einer schneller Runde unterwegs – und schnappte sich in 1:58,303 min die Pole für das Petronas-Heimrennen. MotoGP-Ergebnis, Sepang, Q2: 1. Quartararo, Yamaha, 1:58,303 min 2. Viñales, Yamaha, + 0,103 sec 3. Morbidelli, Yamaha, + 0,129 4. Miller, Ducati, + 0,422 5. Crutchlow, Honda, + 0,648 6. Rossi, Yamaha, + 0,697 7. Rins, Suzuki, + 0,787 8. Petrucci, Ducati, + 0,794 9. Zarco, Honda, + 0,836 10. Dovizioso, Ducati, + 0,870 11. Márquez, Honda, + 0,875 12. Bagnaia, Ducati, + 1,337 Die weitere Startaufstellung: 13. Mir, Suzuki 14. Aleix Espargaró, Aprilia 15. Pol Espargaró, KTM 16. Abraham, Ducati 17. Iannone, Aprilia 18. Lorenzo, Honda 19. Kallio, KTM 20. Syahrin, KTM